При жизни Карла Мартелла, правившего Францией и частью Германии, Вонифатию трудно было достигнуть какого-нибудь успеха во франкских землях, но сыновья Карла оказались несколько сговорчивее: Карломан, правитель Австразии (восточной части Франкского королевства, с некоторыми областями нынешней Германии), и Пипин, правитель Невстрии (западной части Франции), допустили вмешательство Вонифатия в дела Франкской Церкви, в которой беспорядок достиг крайней степени. Вонифатию удалось восстановить синоды (соборные совещания) по церковным делам, которые уже не созывались восемьдесят лет. На первых же синодах были устранены некоторые вопиющие злоупотребления; низложены недостойные епископы, утверждены назначенные Вонифатием. Он сам был признан митрополитом Церкви Австразии, и наконец вся Франкская Церковь признала над собой полную власть папы. Как мы помним, эта власть давно признавалась на словах, но не на деле, и франкское духовенство под покровительством светской власти распоряжалось самовластно делами Церкви. Теперь, не без сопротивления, это признание было достигнуто. Три значительнейших епископа Франции: Руанский, Реймский и Сенекий, которым папа прислал омофоры (Pallium), долго не соглашались принять их, видя в этом признание своей зависимости от папы, и еще дольше не соглашались заплатить за них. Их сопротивление было наконец побеждено настойчивостью Вонифатия.
Святой мученик Вонифатий. Икона
Всего труднее для Вонифатия складывались отношения с многочисленными проповедниками, трудившимся в Германии до него. Почти все они принадлежали к независимой Старобританской Церкви. Вонифатий, вполне преданный папе и так ревностно старавшийся подчинить всю Церковь его главенству, непременно должен был относиться к ним враждебно. Их было очень много во всех областях Германии, и они приобрели огромное влияние, потому что трудились ревностно, бескорыстно, и вообще народ слушал их гораздо охотнее, чем тех проповедников, которые действовали заодно с властями и вводили христианскую веру при условии подчиненности папе. Проповедники Старобританской Церкви, огорченные победой римских начал, надеялись на торжество своего вероисповедания в германских землях. Они долго и упорно сопротивлялись Вонифатию, ненавидя тот государственный строй и порядок, который он вводил в Церковь, отвергали безбрачие духовенства, церковную иерархию, клеймили как суеверие множество римских обычаев. Некоторые из них, дойдя до крайности во вражде ко всему, что проповедовала Римская Церковь, всегда склонная к внешней обрядности, отвергали как зло всякий внешний обряд, а некоторые и сами, упорно и суеверно держась обычаев, которые давно уничтожила Церковь, проповедовали учение, очень близкое к ереси. Между ними и Вонифатием завязалась упорная борьба, но силы были неравны. Вонифатий имел силу и власть. Папы не только позволяли, но и повелевали ему действовать со всевозможной строгостью против «британских еретиков». Осуждаемые на церковных совещапиях, некоторые из них подверглись заточению и изгнанию, как, например, проповедники Адальберт, Климент и Виргилий. Но все должны были уступить силе Вонифатия, поддерживаемого не только Римом, куда он совершил уже третье путешествие, но и, в конце концов, всеми местными властями. Начала независимой Церкви были временно побеждены и в германских землях.
Вонифатий в конце своих сорокалетних трудов увидел Церковь устроенную, с твердыми правилами благочиния, подчиненную папскому престолу. Побеждено было сопротивление галликанских епископов, низложено старобританское исповедание. Надзирая за основанными им епископства ми по всей Германии, Вонифатий сам долго не имел определенной епархии, и только перед кончиной был назначен архиепископом Майнца.
Примером образа жизни некоторых франкских епископов того времени могут стать предместники Вонифатия в этой епархии. В правление Карла Мартелла ее занимал один из полководцев, женатый, отец семейства. Этот полководец-архиепископ был убит на войне, и Карл Мартелл, желая оказать помощь осиротевшему семейству, передал епархию его старшему сыну Гевильлибу. Новый епископ, как и отец, был воином и на следующий же год отправился в поход. Горя желанием отомстить за смерть отца, он зазвал к себе на совещание того, от руки которого пал отец, и собственноручно предательски убил его. Такие поступки не были редкостью между тогдашними епископами. Вонифатий, однако, настоял на том, чтобы Гевильлиб был низложен.
Вонифатий испросил у нового папы Захарии право (обещанное ему еще Григорием III) при жизни избрать себе преемника и передать ему звание архиепископа Май и некого и примаса Германии. Папа неохотно согласился на это, боясь, как бы обширная Германская Церковь во главе с примасом не сделалась впоследствии независимой, но отказать Вонифатию было невозможно. Он передал и звание, и свои права ученику и соотечественнику Лулле (754).