В Риме торжествовали по поводу низложения Фотия. Император Василий желал сближения с Западом, и потому папа мог надеяться, что ему во многом уступят. Преемник Николая, Адриан II, на соборе в Риме в присутствии посланных из Греции повторил анафему Фотию и убедил императора созвать в Константинополе Собор для суда над ним. Однако около двух лет собирали епископов, которые согласились бы осудить Фотия, но все-таки нашли их весьма малое число. Почти все духовенство было горячо предано патриарху, так твердо защищавшему независимость Церкви и чистоту ее учения, так ревностно исполнявшему свои обязанности. Но наконец Собор торжественно открылся в 869 году. Папа прислал двух легатов. Так как три восточных патриарха не прислали уполномоченных, то в виде уполномоченных от них выставили сарацинских поверенных, приезжавших для выкупа пленных. Вообще, действия этого собора стали позором для греков и торжеством латинян: признана была духовная власть папы над всей Церковью, а Фотий предан проклятию. Постановления Собора 869 года, который до сих пор латиняне называют восьмым вселенским, вместо чернил подписали евхаристической Кровию. Фотий, призванный на Собор как обвиненный, не признал законности его постановлений. На вопросы легатов он не отвечал, против их обвинений не возражал и поразил всех своим величием и достоинством. Некоторые епископы не побоялись и на Соборе с твердостью защищать действия Фотия, объявляя, что постановления Собора ничего не значат, когда они не согласованы с церковными законами; что посвящение Фотия законно и поступки его справедливы. Их низложили и предали анафеме так же, как и Фотия. Его же подвергли тяжкому заточению. Около месяца бывший патриарх был опасно болен, но к нему не допускали даже врача и прислуги; отняли у него книги. Семь лет провел Фотий в таком суровом заключении и явил величие и твердость духа, которых не отрицают даже и враги его. Все переносил он с невозмутимым спокойствием, не смущался анафемой, произнесенной над ним. «Анафема, — писал он одному другу, — произносимая проповедниками истины против нечестия — казнь страшная; но произнесенная врагами истины поражает только тех, кто произнес ее; а невинному вместо казни готовит неувядаемую, нетленную славу». «Истинное божественное блаженство почерпается только из источника словес Божиих и занятия ими, — писал он. — О чем же мне должно заботиться, не обращая внимания на скорбь? О том, чтобы сохранить душу неприкосновенной и неповрежденной от стрел греха; и если какая из них поразит душу и даже нанесет ей язву, возбуждать к излечению раны и восстановлению здоровья. Все же прочее: слава и богатство, красота и сила, могущество и зрелость тела, и более их драгоценная сила слова — все это лишь призрачные представления».
Между тем и так называемый «восьмой вселенский собор» не восстановил мира между Римом и Константинополем. Во-первых, подписанные всеми присутствовавшими постановления Собора не достигли Рима. Они были украдены у легатов во время обратного пути. Многие винят в этом греков, якобы желавших уничтожить свидетельство их позорных уступок. Во-вторых, папе не уступили по делу о Болгарии. Болгары к этому времени убедились, что латиняне ищут над ними только преобладания, и снова обратились к грекам. Тщетно папа настаивал на своих правах относительно Болгарии. Патриарх Игнатий по просьбе присланных в Константинополь болгар посвятил для их страны епископа и отправил туда священников. Папа объявил и ему анафему, которую повторял и преемник Адриана Иоанн VIII. Но Василий, утвердившийся на престоле, теперь мало заботился о хороших отношениях с Римом. После семилетнего тяжкого заключения Фотий был опять призван ко двору; император, уважавший ученость, вверил ему воспитание своих детей. Первым желанием Фотия было примирение с Игнатием.
Прежние противники, увидевшись, пали друг другу в ноги и просили прощения один у другого. Самая искренняя дружба заменила прежнюю вражду. Когда Игнатия постигла предсмертная болезнь, Фотий навещал и утешал его. Фотию поручил он, умирая, своих близких и друзей.