Несмотря на то, что в обоих документах отсутствует подпись Его Святейшества (а также его печать), ученые никогда не сомневались — обе записки составлены лично Папой. Но стал ли писать их человек, который к этому моменту был настолько болен, что даже не вставал с постели? Владимир Захаров убежден: документы — дело рук архиепископа Одескальчи, флорентийского нунция, который неотлучно находился подле умирающего понтифика. Он никогда не был замечен в особых симпатиях к российскому приорству и абсолютно не одобрял решения о «снятии» Гомпеша: «Следовало не только полностью доказать предъявленные Великому Магистру обвинения, но также, прежде чем приступать к лишению его сана, необходимо было предъявить значительное количество доказательств его вины, а также иметь зрелость суждений и, кроме всего прочего, надо было получить согласие представителей всех «лангов». Та поспешность, с которой Российское Великое Приорство приступило к действию, которое могло совершаться исключительно по решению Апостольского Престола, не могла не удивить Его Святейшество… Следует отметить, что благородная решимость постоять за честь и достоинство Ордена вселила слишком большое усердие в души рыцарей, составляющих Российское Великое Приорство, и они, не удовлетворившись смещением настоящего Великого магистра и не дождавшись ответа Его Святейшества, провозгласили нового Великого магистра.
Подобное быстрое развитие событий не могло не опечалить душу Его Святейшества. Он убежден, что Его Величество Император Всероссийский, оказывая свое высочайшее покровительство Иерусалимскому Ордену и удовлетворяя просьбу рыцарей, составляющих Российское Великое Приорство, не имел в своих чистых помыслах ничего, кроме намерений защитить их права, подтвердить их полномочия и возродить былую мощь Ордена.
С другой стороны, Его Святейшество не может забыть о правах, принадлежащих Апостольскому Престолу на монашеские ордена, правах, возлагающих на него ответственность перед всем миром и в том числе перед членами Ордена, перед правителями государств, в которых находятся его члены, — ответственность за любое действие, ущемляющее права Святого Престола, или противное Уставу самого Ордена. Итак, будучи не в состоянии одобрить или, по меньшей мере, обойти молчанием все действия, совершаемые Российским Великим Приорством, Его Святейшество вынужден напомнить членам, его составляющим, о необходимости их подчинения Святому Престолу, от которого они зависят, согласно Уставу, а также настоятельно им указать, насколько они уклонились от Устава Ордена, как в случае с провозглашением Великим Магистром Его Императорского Величества… Они не должны также забывать о декрете Григория XIII от 1589 года, по которому было установлено, что впредь только Святому Престолу будет принадлежать право решать судьбу Великого магистра Ордена, сколь бы тяжелы ни были его поступки, и что по этому поводу не может быть никакой обиды… Исходя из этих соображений, Его Святейшество должен был бы передать священную истину своему высокому окружению, если бы он санкционировал акции, предпринятые недавно Великим Приорством Российским».
Была и третья записка, датированная 16 марта 1799 года. Ее флорентийский нунций тоже отправил Лоренцо Литте, якобы по указанию Папы: «В довершение к тому, что Великий магистр Гомпеш незаконно был низвергнут из сана, новым Великим магистром Ордена был провозглашен Российский Император… Апостолические постановления оставляют за Святым Престолом исключительное право судить о личности Великого магистра, равно как и определять статус Ордена, в котором устанавливаются точные и неизменные правила, касающиеся избрания предстоятелей Ордена, изменить которые может только Папа».