Настоящие масоны появились в России только в конце царствования Екатерины. Одним из них был И. Г. Шварц, уроженец Трансильвании. В Россию он приехал в 1780 году в качестве гувернера, но вскоре стал профессором Московского университета, где со временем сколотил вокруг себя небольшой масонский кружок из числа преподавателей и студентов в количестве восьми человек. Обрядность и ритуал там не практиковались, и вообще непонятно, чем занимались члены кружка на своих заседаниях, но кружок был тайным, и другие масоны в него не допускались. Шварц, по его заверениям, «привез с собой градус единственного верховного представителя теоретической степени соломоновых наук в России», то есть, иначе говоря, был посвященным, специально посланным в Россию представлять и насаждать здесь «великую идею масонства». И, видимо, небезуспешно, так как на Вильгельмсбаденском конгрессе масонов в 1782 году Россия была признана «восьмой провинцией масонского мира».
После конгресса Шварц энергично принялся за распространение среди российских масонов учения розенкрейцеров. Почти год он проводил с ними «тайные занятия», читая лекции в духе Якоба Бёме и поощряя увлечение своих слушателей магией, алхимией и каббалой «как науками божественного происхождения, доступными для немногих и допускавшими единение с божеством». Ибо, как убеждал Шварц своих учеников, «откровенная религия доступна лишь магам и каббалистам». Но свою «полезную» деятельность он закончить так и не успел, ибо скончался в 1784 году. Однако посеянные им семена дали всходы. Его друг и сподвижник Н. И. Новиков учредил «Типографическую компанию», выпустившую в свет большое количество масонских изданий. В своих статьях он писал, что «вере учат не так, как надо», и рекомендовал, как надо учить. О его деятельности донесли императрице, особо упомянув, что Новиков «со друзьями участвует в уловлении известной особы» (наследника Павла Петровича). В указе от 1792 года Екатерина определила «запереть его на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость», увидев в этом «умном, но опасном человеке» врага России. В заточении Новиков провел четыре года: в 1796-м Екатерина скончалась, а вступивший на трон Павел I в тот же день освободил просветителя.
Несмотря на «просветительскую» деятельность Новикова, среди масонов после смерти Шварца действительно посвященных лиц не оказалось. Сам Новиков на допросе признался, что «многое ему неведомо». Поэтому на этом этапе масоны, хотя и отрицали церковную иерархию и обрядовую сторону религии, на саму Церковь не посягали, отдавая предпочтение алхимии и поиску «жизненного эликсира». Возможно, что приезд графа Калиостро в Россию в эти годы был далеко не случаен и сам граф ставил перед собой куда более далеко идущие цели, однако какого-то заметного влияния на развитие масонства в России его пребывание не оказало.
Во времена правления Павла I проникновение масонства в Россию совершалось через орден иоаннитов, который формально сохранял статус католического, но структурно и идейно был устроен по масонскому образцу. Орден иоаннитов, или Орден Святого Иоанна Иерусалимского, был создан в эпоху крестовых походов, но после изгнания крестоносцев из Палестины перебрался на Кипр, а в 1036 году, после завоевания монахами-рыцарями острова Родос, обосновался там. В 1521-м, после блестящей обороны острова от турецких полчищ, император Карл V пожаловал иоаннитам «в вечное наследство» остров Мальту, откуда обосновавшиеся там рыцари совершали походы на мусульман и при магистре де Валлетте достигли подлинного расцвета, став грозой всего Востока. Когда же в 1798 году молодой генерал Наполеон Бонапарт на пути в Египет фактически без боя захватил остров, значительное число рыцарей отправилось в Россию, где и нашло себе приют. И не без причины.
Дело в том, что один из руководителей ордена — граф Литта — был женат на племяннице Г. Потемкина, которая до этого была замужем за графом Скавронским и после его смерти получила в наследство громадное состояние. Поместья ее нового мужа в Италии были конфискованы французами, поэтому все его финансовые интересы сосредоточились в России. Граф Литта сумел произвести впечатление на Павла и с тех пор пользовался его неизменным покровительством. На своем собрании в Петербурге члены ордена сместили прежнего магистра и на его место избрали Павла I, который с восторгом принял это назначение. Президенту Российской академии наук даже было предписано обозначить Мальту в издаваемом Академией календаре как «губернию Российской империи».