В 1936 году в Испании вспыхивает гражданская война. После 30 августа 1936 года вся страна словно разделилась на два враждующих лагеря: религиозных фанатиков и тех, кого они мечтали уничтожить. По всей стране запылали церкви, начались массовые гонения на священников и простых верующих. Эскрива вынужден скрываться, а впоследствии — дабы хоть как-то выйти из подполья — даже покинуть Мадрид. Он сменил множество пристанищ; одним из них, как это ни забавно, стала психиатрическая клиника, главный врач которой д-р Свилс на некоторое время великодушно предоставил Эскриве приют. Однако лучшим убежищем для Эскривы была улица, где у него были шансы затеряться в толпе.
Его жизнь скитальца закончилась в 1939 году — с окончанием самой войны. 28 марта Хосемария Эскрива возвращается в Мадрид (он стал первым священнослужителем, вернувшимся из вынужденного изгнания на родину). Там ему, наконец, было суждено завершить свою диссертацию, успешно ее защитив. Летом 1939 года Эскрива много работает в Валенсии; ряды «Опус Деи» существенно пополняются в это время за счет студентов. А осенью, в сентябре, из печати выходит «Путь» — своего рода Евангелие «Опус Деи», которое написано Эскривой. Одновременно стремительно растет его слава публичного проповедника. Очень скоро как в церковной среде, так и в миру Эскриву начинают считать выдающимся духовным наставником. Мадридский епископ, достопочтенный Леопольдо Эджо и Гараи, вдохновившись идеями Эскривы, становится покровителем «Опус Деи» и обеспечивает Эскриве всемерную поддержку. Триумф главы «Опус Деи» омрачает лишь горестная весть о кончине Долорес, его матери, последовавшей в 1941 году.
То, что Эскрива осуществлял руководство «Опус Деи», и сама специфика деятельности этой организации (ниже ее анализу будет уделена специальная глава) ставили перед ним задачу кардинальной церковной реформы. Но для осуществления своего намерения ему были необходимы дополнительные знания и, конечно же, влияние в иерархии Церкви. Эскрива понимает: ему нужен Рим; не менее важным видится и написание еще одной докторской диссертации — теперь уже, естественно, по богословию.
В 1946 году начинается новый этап его жизни. В ночь с 23 на 24 июня Эскрива прибывает в Рим, мечтая об аудиенции у папы Пия XII, которого глубоко почитает. Первая аудиенция Эскривы у Пия XII состоялась уже через три недели после его приезда в Рим. Папа, ранее общавшийся с представителями «Опус Деи», был не слишком впечатлен, а потому не ожидал от встречи ничего особенного. Однако, едва начав беседовать с Эскривой, он проникся к нему всей душой и обещал оказать поддержку. После аудиенции папа поделился с кардиналом Джилроем своими впечатлениями об Эскриве: «Это настоящий святой… он поистине послан нам самим Господом!» Им было суждено встретиться еще дважды: в 1947 и 1950 годах, причем именно в это время — благодаря папе — организация «Опус Деи» перешла в юрисдикцию Церкви. Последовавшая в скором времени кончина папы Пия XII никак не сказалась на статусе «Опус Деи». Следующий папа — Иоанн XXIII — весьма благоволил к деятельности «Опус Деи», а его преемник — Павел VI — он же монсеньор Джованни Баттиста Мантини, был первым из ватиканской братии, кто встретился с Эскривой, мгновенно проникшись к нему невероятным расположением, которое со временем еще более упрочилось.
В общем и целом Эскрива удачно обосновывается в Риме. Он очень быстро пишет и защищает диссертацию. И это при том, что начиная с 1944 года он тяжело страдает диабетом. Вердикт медиков был категоричен: Эскрива, по их мнению, мог умереть в любой момент… Несмотря на это Эскрива работал, не щадя себя. Его высоко оцененные выдающиеся заслуги на духовном поприще, казалось бы, ни у кого в Ватикане не должны были вызвать сомнения. Однако стремительный рост Хосемария Эскривы в церковной иерархии вызвал изрядную зависть в недостойных сердцах. Начались грязные интриги, направленные против Эскривы, — и это при явном благоволении высшего иерарха Церкви! Хосемария Эскрива держался стойко, противостоя проискам вероломных врагов, и лишь когда возникла непосредственная угроза смерти, он обратился с прямым письмом к папе. Тот принял надлежащие меры; однако Эскрива, допуская, что так просто все не кончится, принял решение, чтобы семьи наиболее заслуженных деятелей движения «Опус Деи» были в целях безопасности переправлены в Назарет — под «покровительство ветхозаветных святых Иосифа и Марии», по слова Эскривы. Кстати, примерно в это же время Хосемария Эскрива реализовал возможность вступления в «Опус Деи» для лиц, состоящих в браке. По его инициативе в городке Молиноведжо, неподалеку от Мадрида, был организован специальный приход. Именно там энтузиасты, связанные узами брака, но горевшие желанием стать частью «Опус Деи», могли в полной мере реализовать свои мечты.