Вместе с необходимыми постройками и учреждением порядков внутри обители настоятель архимандрит Игнатий должен был обратить свою деятельность и на другие отрасли ее благоустройства, именно на поземельную собственность и сельское хозяйство. По вступлении в управление монастырем он не нашел ни одного межевого знака на монастырской земле. По делопроизводству обители оказалось, что всей землей, которая была приобретена покупкой еще основателем пустыни, пользовались незаконно экономические крестьяне деревни Подмонастырской слободы, монастырь же имел лишь 25 1/2 десятин, занимаемых огородом и покосом, — и что все хлопоты монастыря о восстановлении его прав на эту землю, несмотря на неоспоримость его документов, остались безуспешными. В 1835 году архимандрит вошел с прошением о восстановлении на монастырской земле межевых знаков и о скорейшем разборе прав на владение землею, неправильно присвоенной крестьянами, а также о наделе монастыря лесным участком, согласно объявленному 4 июня 1835 года Высочайшему повелению, в силу которого монастыри, в видах поддержания их в способах существования, должны быть наделены для устройства земледельческого хозяйства примерно от 100 до 150 десятин земли. Спорное с крестьянами дело о земле решено в 1836 году тем, что хотя земля признана принадлежащей монастырю, но в видах затруднения выселиться с нее крестьянам, основавшимся на ней с 1765 года, положено, по соглашению с настоятелем, разделить землю на две части: восточную сторону, на которой стоит монастырь, по линии от севера к югу — отдать ему, а западную, на которой поселились крестьяне, уступить им. Согласие на эту уступку прекрасно выражено настоятелем в письме его к бывшему статс-секретарю о принятии прошений князю А. Н. Голицыну. «Ваше Сиятельство, — писал архимандрит, — обычное снисхождение ваше внушает мне смелость беспокоить вас покорнейшею просьбою, впрочем, весьма для вас легкою; она состоит в следующем: наша обитель давно ведет процесс о земле, по купчим, плану и межевой книге генерального межевания ей принадлежащей, но оспариваемой казенными крестьянами, которые самовольно на ней населились. Министр финансов, рассмотрев дело, хотя и нашел, что земля по всей справедливости принадлежит Сергиевой пустыне, однако, затрудняясь переселением крестьян, положил землю разделить так: сторону, на коей стоит монастырь, отдать монастырю, а на коей поселились крестьяне — крестьянам. Сие мнение его поступило в Комитет министров. Думаю, что преподобный Сергий лучше бы согласился уступить часть достояния своего, чем причинить огорчение крестьянам переселением их, чему простые сии люди не иначе повинуются, как предаваясь неутешной печали и горьким слезам. Посему и я, поверенный преподобного Сергия, как в сем деле, так и в прочих, до обители его касающихся, должен соображаться с благоутробием своего Настоятеля и решением министра финансов быть довольным. Поддержите сие решение в Комитете министров. Вот в чем состоит вся просьба к вашему Сиятельству от поверенного обители преподобного Сергия».
Во время ведения дела о поземельном владении настоятель положил хозяйственные начала тем, что прекратил отдачу в арендное содержание небольшого участка земли, оставшегося во владении обители, завел на ней огородничество, улучшил садоводство, значительно прибавил яблонь в саду. Отрезанная в монастырское владение дача, с самого начала тяжбы остававшаяся без всякого возделывания, поросла кустарником и обратилась в болото. Очистка и осушка болота было делом одного года. Задумав обеспечить содержание монастыря введением рационального сельского хозяйства, архимандрит Игнатий просил у митрополита Серафима разрешение занять из капитала комиссии духовных училищ 45000 руб., с рассрочкой уплаты капитала и процентов на 8 лет. Сумма эта нужна была на заведение скотоводства, земледельческих орудий, рабочих лошадей, найма людей и другие хозяйственные нужды и постройки. По Высочайшему разрешению комиссия отпустила только 30 000 руб., но вклад о. Михаила Чихачова, пожертвовавшего 40 000 руб. ассигнациями в личное, безотчетное распоряжение архимандрита, дал средство окончить это дело и достигнуть возможного расширения и улучшения скотоводства и всего сельского хозяйства. Монастырь стал пользоваться круглый год овощами со своих огородов; ржаного хлеба доставало нередко на весь год, несмотря на значительно увеличивавшееся число братии, на огромный расход его для раздачи богомольцам в праздничные дни и на продовольствие всех монастырских рабочих; овса и сена было столько, что ежегодно продавалось на сумму от одной до полуторы тысячи рублей. Скотоводство доставляло для братской трапезы в изобилии молочные продукты; кроме хуторных земледельческих построек, стоивших до 20 000 руб. ассигнациями, с ригою для сушки хлеба и с сараями для клевера, — были сделаны и другие при обители необходимые деревянные постройки.