В таком расположении духа он пришел в церковь и обратился к епископу Фотию со словами; «Отдай мне жену мою. зачем ты разлучил нас?» Потом начал ужасно ругать и поносить святителя. Один из священников спросил царя, для чего он «напрасно поносит епископа и св. Шушанику». Васкен ударом палки заставил его молчать. Затем, увидев бывшую в то время в церкви царицу, вытащил ее из храма и велел влачить по земле до самого дворца. Блаженную влачили по дороге, усеянной колючими растениями, и поэтому вся одежда ее разодралась, и тело было бесчеловечно истерзано. Перед дворцом Васкен приказал бить святую палками. Ей дано было триста ударов, причем неистовый мучитель приговаривал: «Какую пользу получила ты от церкви, от христиан и от религии их?» Страдалица во время мучений не стонала, не жаловалась. Когда же ее перестали бить, она сказала мучителю своему: «Окаянный, если ты не жалеешь меня, то пожалей хотя самого себя и обратись ко Христу, от Которого ты отрекся». Васкен, несмотря на то. что из ран мученицы сильно текла кровь, велел связать ее, наложить ей на шею цепь и отвести в крепость, строго наказав, чтобы ей не оказывали никакой помощи. Шушанику повели в крепость, как преступницу, босую и с растрепанными волосами. Никто не смел покрыть главу ее, потому что сам царь следовал за ней и не переставал осыпать ее ругательствами. Великое множество народа сопровождало страдалицу, все плакали и рыдали, били себя в грудь, сожалея о снятой. Она же, заметив оказываемое ей сочувствие, воскликнула: «Братья, матери, сестры и дети, не плачьте, но молитесь обо мне, чтобы я не вышла из темницы, но умерла в страданиях за веру Христову». Разъяренный Васкен бросился на народ с угрозами и разогнал толпу. Когда приблизились к месту заключения, царь сказал св. Шушанике: «Довольно ты пожила на свободе, теперь ты уже не выйдешь живой, а разве только вынесут тебя оттуда четверо».
В крепости поместили мученицу на северной стороне в темной и тесной комнате. Васкен собственной печатью запечатал цепь, которая была на шее святой. Шушаника сказала ему: «Я рада страдать здесь и умереть, чтобы там, за гробом, успокоиться». Царь с презрением ответил; «Я тебя успокою». Приставив к темнице стражей, он приказал морить святую голодом и никого не пускать к ней, нарушившим же приказание угрожала смертная казнь. Чрез две недели Васкен призвал к себе одного из стражей и спросил его, жива ли Шушаника. Страж отвечал, что «близка к смерти, поскольку не вкушает пищи».
В этот вечер я убедил стражей впустить меня в темницу и нашел агницу Божию удивительно изменившейся. Заметив слезы на глазах моих, она сказала: «Отче! Почему ты плачешь, когда я в такой великой радости?» После кратковременного свидания я поспешил оставить ее. Во время этих событий брат царя Джоджик, отсутствовал. Возвратясь из своего путешествия и узнав о бедственном положении св. Шушаники, он умолил Васкена разрешить снять с нее узы. Затем он поспешил явиться к мученице и облегчить ее страдания, снял нашейную цепь, но снять цепи с ног святая не согласилась. В таком положении она провела в крепости шесть лет.
Царица постом, бдением и молитвами постепенно восходила на высокую степень духовного совершенства. Святостью своею, она стала известна во всей Грузии. К ней отовсюду приходили за помощью, молитвами ее бездетные делались многочадными. больные исцелялись, слепые прозирали. Одна персиянка-волшебница была одержима неизлечимой болезнью. Придя к мученице Христовой, она просила ее помощи. Щушаника, наставляя ее, предложила ей бросить волшебство и сделаться христианкой, а по принятии св. Крещения отправиться в Иерусалим на поклонение Св. Гробу Спасителя. Персиянка, последовав советам царицы, получила совершенное исцеление от своей болезни. Св. Шушаника изучила все псалмы и денно и нощно славословила Всевышнего. В это время сказали ей, что дети ее отвращены от Христовой веры. Известие это глубоко опечалило святую, она начала плакать и терзаться и молилась Богу, говоря: «Господи Боже мой! Ты мне дал детей моих, но теперь они не мои, буди воля Твоя святая; избави же меня от сетей вражиих».