Но Никон не желал собора, понимая, что собор обратится против него, он показывал вид, что собор для него не страшен, но в то же время сделал открыто и гласно первый шаг к примирению, чтобы этим уничтожить надобность собора; он решился с помощью, и может быть по мысли, некоторых своих друзей (боярина Н. И. Зюзина) приехать в Москву патриархом, так, как когда-то уехал из нее. Ночью на 1 декабря 1664 г. он неожиданно явился на утреню в Успенский собор, принял участие в богослужении как патриарх и послал известить государя о своем приходе, говоря:
«Сшел я с престола никем не гоним, теперь пришел на престол никем незванный».
Однако государь, посоветовавшись с духовенством и боярами; собранными тотчас же во дворец, не пошел к Никону и приказал ему уехать из Москвы. Еще до рассвета уехал Никон, отрясая прах от ног своих, понимая окончательно свое падение. Дело о приезде его было расследовано, и Зюзин поплатился ссылкой. Никону приходилось ожидать патриаршего суда над собой. В 1665 г. он тайком отправил патриархам послание, оправдывая в нем свое поведение, чтобы патриархи могли правильнее судить о его деле; но это послание было перехвачено и на суде служило веской уликой против Никона, потому что было резко написано.
Только осенью 1666 г. приехали в Москву патриархи Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий (Константинопольский и Иерусалимский сами не приехали, но прислали свое согласие на приезд двух первых и на суд над Никоном). В ноябре 1666 г. начался собор, на который был вызван и Никон. Он держал себя как обиженный, но признал собор правильным; оправдывался он гордо и заносчиво, но повиновался собору. Обвинял его сам царь, со слезами перечисляя «обиды» Никона. В декабре постановили приговор Никону, сняли с него патриаршество и священство и отправили в ссылку в Ферапонтов Белозерский монастырь. Так окончилось «дело патриарха Никона».
Неспокойно выслушал Никон свой приговор; он стал жестоко бранить греческое духовенство, называя греков «бродягами». «Ходите всюду за милостынею», — говорил он им и с иронией советовал поделить между собой золото и жемчуги с его патриаршего клобука и панагии. Ирония Никона многим была тогда близка и понятна. Греки действительно «всюду ходили за милостынею»; потрудшись над осуждением Никона в угоду могущественнейшему монарху и радуясь совершению правосудия, не забывали они при этом высказывать надежду, что теперь не оскудеет к ним милость царская. В видах этой милости они и до собора и на соборе 1666 г. старались возвеличить царскую власть и утвердить ее авторитет даже в делах церкви, ставя в вину Никону его стремление к самостоятельности в сфере церковной. Никон, заносчивый, непоследовательный и много погрешивший, — симпатичнее для нас в своем падении, чем греки с своими заботами о царской милости.
Собор единогласно осудил Никона, но когда стали формулировать приговор над ним, то произошло на соборе крупное разногласие по вопросу об отношениях властей, светской и духовной. В приговоре, редактированном греками, слишком явно и резко проводились тенденции в пользу первой: греки ставили светскую власть авторитетом в делах церкви и веры, и против этого восстали некоторые русские иерархи (как раз бывшие враги Никона), за что они и подверглись церковному наказанию. Таким образом, вопрос об отношении властей принципиально был поднят на соборе 1666–1667 гг. и был решен собором не в пользу церковной власти.