Царь, по словам Летописца, горько плакал, долго безмолвствуя; наконец сказал: «Да будет воля Божия!» и всему поверил. Но требовалось чего-нибудь более для России: хотели оказать усердие в исследовании всех обстоятельств сего несчастия: нимало не медля, послали для того в Углич двух знатных сановников государственных – и кого же? Окольничего Андрея Клешнина, главного Борисова пособника в злодействе!
Не дивились сему выбору, могли удивиться другому: Боярина Князя Василия Ивановича Шуйского, коего старший брат, Князь Андрей, погиб от Годунова и который сам несколько лет ждал от него гибели, будучи в опале. Но хитрый Борис уже примирился с сим Князем честолюбивым, легкомысленным, умным без правил добродетели, и с меньшим его братом, Димитрием, женив последнего на своей юной своячине, и дав ему сан Боярина. Годунов знал людей и не ошибся в Князе Василии, оказав таким выбором мнимую неустрашимость, мнимое беспристрастие».
Комиссия сделала вывод, который и был необходим Борису: царевич погиб в результате несчастного случая. А вскоре хан сговорился со шведами, и на юг страны снова нагрянули кочевники. Разговоры о царевиче прекратились, народ был занят более важной проблемой – войной. Хан шел на Москву. Бились у самых стен Москвы несколько дней, и с той, и с другой стороны было немало убитых. Хан бежал без памяти, гнали его до самой Тавриды. 2 октября с третью своего войска и покалеченной в бою рукой Казы-Гирей вернулся в Бахчисарай. Все свои обозы он бросил по дороге на Крым.
Эта удачная война с ханом полностью загасила сплетни о неестественной смерти Дмитрия. Но не везде. Вдруг в 1592 году прошел слух, что в Алексине толкуют, будто Борис навел хана специально, чтобы забыли о царевиче. Начался розыск и казни. Тут Карамзин тоже находит признаки Борисовой вины: был бы без вины, остался бы великодушен: если казнил – боялся, так что – убил… Хотя, скорее, таким образом Борис стал вершить правосудие: из-за сплетен страна была на грани мятежа.
В этот же год стало известно, что Ирина наконец-то беременна. Карамзин рисует тяжелые душевные муки Бориса, что тому приходилось радоваться, когда хотелось выть от боли: только что убил одного, а вот будет другой законный наследник. Но по всем свидетельствам Борис радовался. Увы, Ирина родила дочь. Правда, снова ходили слухи, что Борис подменил мальчика на девочку. А иные всерьез рассуждали: имеет ли право новорожденная Феодосия, если братьев так и не родится, наследовать престол?
Но через год и говорить стало не о чем: девочка умерла. И в этом тоже тайно обвинили Бориса. Так что, если эти слухи собрать воедино, получится, что Борис неисправимый детоубийца. Недаром в поэме Пушкина у него «мальчики кровавые в глазах».
Но сплетни утихли. Тому способствовали успехи политические: Москва наконец-то заключила мир со Швецией. Правда, по этому договору шведы получили Эстляндию и Нарву, зато Москва вернула все новгородские владения. После неудачного похода притих и крымский хан, уверяя московских послов в дружбе и любви.
Только отношения с Султаном турецким по-прежнему были натянутыми. В легенду, которую ему преподнесли послы («Мы ничего у вас не отняли: ибо Князья Горские, Черкесские и Шавкалские были издревле
В самом же государстве Борис ввел новый закон о крестьянах, запретив им переход из волости в волость. Дополненный указом 1597 года о розыске и возвращении беглых крестьян в течение пяти лет, он стал основой для формирования крепостного права. Законы возмутили крестьян, но обрадовали мелких землевладельцев: теперь их крестьяне становились их собственностью.
Впрочем, успешная политика не могла дать Годунову успешного будущего: его жизнь зависела от здоровья Федора. А Федор слабел. Он сам это чувствовал и готовился к смерти заранее: к концу дней он стал еще более набожным. Умер царь после тяжелой болезни в 1598 году. Завещать царство ему было некому, на нем пресекалась династия. По завещанию «Феодор вручал Державу Ирине, а душу свою приказывал великому Святителю Иову, двоюродному брату Федору Никитичу Романову-Юрьеву (племяннику Царицы Анастасии) и шурину Борису Годунову, то есть избрал их быть главными советниками трона».
Бояре впервые после его смерти присягнули не царю, а царице. Присягнул и народ, но Ирина отказалась от власти и постриглась в монахини под именем Александры. Узнав об этом, собрались думцы и приговорили, что в таком тяжелом для страны случае трон нужно передать брату царицы – Борису Годунову.