Борис, конечно, хотел принять этот трон, но не мог без некоего театрального действа. Он желал, чтобы его уговорили. Все-таки после падения династии он ощущал неудобство в пользовании чужим имуществом. И если, как считал Карамзин, Борис был узурпатором власти, то стыдливым узурпатором. Открыто претендовать на царское место он считал и опасным, и неловким.
Но патриарх и бояре были настроены решительно: Бориса даже обвиняли в уклонении от воли самого Бога! Единственное, что могло помочь, — съезд представителей от всей русской земли. Таким образом был созван первый собор такого рода — Земский великий собор. Сам Борис все это время провел подле сестры в монастыре. Указы, которые принимались, писались именем Александры, то есть именем инокини, прежде бывшей царицей Ириной. Народ понимал, что безначалие хуже назначенной власти. Поэтому собор постановил возвести Бориса на царство. Несколько раз Борис отказывался, но тогда стали собираться толпы и идти к его убежищу. В конце концов, когда эти толпы стали опасны и могли начать мятеж, Борис принял власть. Так он стал московским царем.
Царица со слезами при полном стечении народа передала ему эту царскую власть, сославшись на волю бога. Борис стал воистину богоизбранным. 26 февраля 1598 года он въехал торжественно в столицу. Вместе с ним чествовали его жену Марию Федоровну, сына Федора и дочь Ксению. Зрелище было патриотическим и требовало слез. Затем вся земля целовала крест на верность новому царю.
Борис был деятелен и неутомим, он сразу занялся государственными делами, которые требовали разрешения, но первое время провел подле безутешной сестры. Только потом уже он переселился с семьей из монастырских стен в кремлевские. Для полного производства в цари ему требовалось пройти обряд венчания на царство, но он отложил этот трепетный момент, спеша расправиться с новой угрозой с юга. Хотя сведения об этой угрозе были малодостоверными, Борис ее не игнорировал. Он собрал огромное войско, готовое отразить врага. Но вместо врага ко двору явились ханские послы. По одной версии, Борис затеял этот маскарад с войском для демонстрации силы своей власти, по другой — и, возможно, более справедливой — демонстрация силы заставила крымского хана отменить свой поход. Если хан рассчитывал поживиться в ослабевшей Москве, то теперь он убедился, что она сильнее, чем прежде.
После такого бескровного укрощения хана народ славил Бориса и был счастлив. Свое венчание он назначил на 1 сентября — в этот день в Москве начинался новый год. С нового года он думал строить новую Русь. Почти сразу он возобновил мирные договоры с другими странами, а русско-польский договор установил 20 лет тишины и покоя. Все было прекрасно! Дочь Ксению он решил выдать за датского герцога Иоанна, брата короля Христиана. Обручение и свадьбу решили отложить до зимы. Но этому браку было не суждено свершиться: герцог заболел в Москве и умер. Царевна, получив ужасное известие, без чувств упала к ногам отца. Несчастного жениха не решились везти на родину, его похоронили в самой Москве, в немецкой слободе, в недавно построенной Аугсбургской церкви.
Сплетники находили повод злословия и в этой смерти: шептались, что Борис послал к больному медиков, которые его и погубили. Но зачем бы это было нужно Борису? Нового жениха он подобрал для царевны только в 1604 году, но то было уже время, когда предложение стало бессмысленным.
Первые два года правления Бориса Карамзин считал лучшими для Москвы. Ему удалось наладить с соседями прочный мир, успокоить кочевые народы на окраинах, укрепить порядок внутри страны, но имя Бориса для многих было связано с делом царевича Дмитрия, и слухи, которые он желал бы уничтожить, никак не пресекались. Он постарался удалить тех, кто мог желать ему вреда. Бывший друг Бельский был отправлен строить на берегу Северного Донца крепость Борисов. Бельский покорно принял новость. Но вскоре с Донца кто-то донес, что боярин собирается стать независимым от царя. Борис посадил его в тюрьму там же, на Донце.
Боярин Никита Романов-Юрьев на смертном одре призвал Бориса быть его сыновьям вместо отца. Борис по видимости наградил этих детей, но Романовых он опасался: ходили слухи, что они могут претендовать на царскую власть. По доносу в доме у Александра Романова провели обыск и нашли какие-то коренья в мешках, которые тут же были признаны колдовскими: якобы Романовы умышляли колдовством извести семью Бориса. Завелось дело. Вместе с Романовыми пострадали князья Черкасские, Шестуновы, Репнины, Карповы, Сицкие.