3 марта в Краков вошли русские войска, а 7 марта – австрийские. И было арестовано еще около 1200 горожан, подозревавшихся в участии в восстании. Около ста человек были осуждены на пожизненное заключение. А 16 ноября 1846 года Краков утратил свой статус вольного города и был включен в состав Австрийской империи под названием Великое княжество Краковское.
Получилось так, что интеллигенция Царства Польского в значительной степени была настроена оппозиционно к российским властям. Высшие слои католического духовенства поддерживали шляхту, однако большинство ксёндзов не были настроены революционно. Но 8 апреля 1861 года, когда власти решили принять строгие меры, чтобы покончить с дворянской оппозицией и с революционным движением, в Варшаве состоялась манифестация, по которой был открыт огонь, в результате чего несколько сотен человек были убиты и покалечены.
Ранней весной 1861 года массовое крестьянское движение охватило больше тысячи деревень. Крестьяне отказывались выходить на барщину, требовали ее безвозмездной отмены и признания за собой права собственности на обрабатываемые ими участки.
14 октября в Царстве Польском было введено военное положение.
К концу 1861 года в обществе возникло две основных партии: «белые», выступавшие за автономию Царства Польского и присоединение к нему белорусских, украинских и литовских земель, но занявшие позицию пассивной оппозиции, и радикальные «красные», выступавшие за восстановление независимости путем вооруженного восстания.
В 1862 году царь пошел на уступки, после чего Царство Польское фактически получило достаточно широкую автономию. Но польскому гражданскому управлению во главе с Александром Велёпольским пришлось несладко. Дело в том, что должность наместника в то время была поручена императором Александром II его августейшему брату, великому князю Константину Николаевичу, а при нем Велёпольский был назначен вице-председателем Государственного совета, замещающим наместника в случае его отсутствия. При этом для партии «красных» важно было не допустить осуществления реформ. С этою целью был совершен ряд покушений на бывшего наместником до приезда великого князя генерала А. Н. Лидерса (15 июня 1862 года), на самого великого князя в день его приезда (20 июня), на Велёпольского (26 июля и 3 августа). Эти покушения обнаруживали только близость бездны, в которую увлекали польское общество радикально настроенные революционеры.
В октябре 1862 года, по почину партии «белых», в Варшаву съехались помещики-землевладельцы Царства Польского – под предлогом ответа великому князю на его прокламацию к полякам, изданную по поводу совершенных покушений. Они решились выразить свое отношение в виде коллективного послания к человеку, который служил знаменем этой партии, а именно к графу Анждею Замойскому, и в этом послании они планировали показать свою неудовлетворенность пожалованными реформами и выразить просьбу о присоединении к Царству Польскому западной окраины Российской империи (до Двины и Днепра). Согласившийся принять это послание граф Замойский был выслан по воле Александра II за границу. И это, кстати, спасло его. Позднее, 19 сентября 1863 года, из окон дома, принадлежавшего Замойскому, была забросана бомбами и обстреляна коляска, в которой ехал наместник Царства Польского граф Ф. Ф. Берг с адъютантом Виктором фон Валем. Серьезно никто не пострадал: были контужены фон Валь и несколько казаков конвоя, а сам граф отделался простреленным воротником шинели. Дворец Замойского был конфискован, а сам он легко доказал свою непричастность, так как дом сдавался, а самого его не было в Польше.
После послания к Замойскому политическая роль Велёпольского была, по сути, окончена. Роковая развязка в виде открытого мятежа становилась неминуемой. По своему обыкновению действовать открыто и наступательно, Велёпольский ускорил эту развязку тем, что, на его взгляд, должно было послужить «разрезом нарыва». Решено было произвести внезапно, 3 января 1863 года, усиленный рекрутский набор, которому бы подверглась значительная часть участвовавшей в революционном движении молодежи. Последствием этой меры стало то, что во многих местах Царства Польского в ночь с 10 на 11 января 1863 года вспыхнул мятеж.
Для Александра Велёпольского все это кончилось тем, что он, получив отпуск, навсегда уехал за границу. Последние годы жизни он провел в Дрездене, в самом мрачном расположении духа и почти в затворничестве. Разбитый параличом, он скончался 18 декабря 1877 года.