III отдел (оперативно-подготовительный) планировал и готовил мероприятия, связанные с вооруженной борьбой и будущим общенациональным восстанием, а также координировал работу инспекторов отдельных видов вооружения. Руководители: генерал С. Татар (до мая 1944 года), полковник Юзеф Шостак (до октября 1944 года), майор И. Каменский. Отделу подчинялись: Саперный отдел, Артиллерийский отдел и Отдел флота.
IV отдел (снабженческий) координировал работу служб вооружения, интендантства, географической, санитарной, ветеринарной и обозной, а также заведовал подпольным производством.
V отдел (оперативная связь) занимался вопросами оперативно-технической связи, оснащения оборудованием, планированием десантных выбросок, координировал работу курьерской службы, шифровальщики, главная канцелярия, опекал солдат союзнических войск. Руководитель — полковник Казимеж Плута-Чаховский («Кучаба»).
VI отдел (бюро информации и пропаганды) заведовал пропагандистской деятельностью. Руководители: полковник Ян Жепецкий (до октября 1944 года), капитан К. Мочарский.
VII отдел (бюро финансов и контроля) контролировал финансовые потоки и денежное обеспечение, а также организовывал конспиративные точки. Руководители: полковник С. Тун (до октября 1944 года), майор Е. Любовецкий.
В январе 1943 года была создано Управление диверсиями, которое готовило и проводило диверсионные и специальные акции. Им руководили: полковник Август Эмиль Фельдорф (до марта 1944 года), подполковник Ян Мазуркевич («Радослав»).
В состав АК входили также структурные единицы, которые действовали за границей: Отдел по вопросам страны (Польши) при Штабе главнокомандующего (руководители — подполковник Смоленский, подполковник М. Протасевич, полковник Е. Утник); Отдел АК в Венгрии (подполковник И. Коркозович); Отдел АК в Германии.
В начале 1944 года Главной комендатуре АК подчинялись четыре крупные административные единицы (территории) и восемь самостоятельных округов: Белостокская территория (полковник Е. Годлевский) с округами «Белосток» (полковник В. Линярский), «Полесье» (подполковник С. Добрский), «Новогрудек» (подполковник Януш Шляский); Львовская территория (полковник Владислав Филипковский) с округами «Львов» (полковник С. Червинский), «Станиславов» (капитан Владислав Герман), «Тарнополь» (майор Б. Завадский); Западная территория (полковник С. Гродский) с округами «Поморье» (полковник И. Палубицкий) и «Познань» (полковник X. Ковалювка); Варшавская территория (полковник А. Скорчинский) с подокругами «Правобережный» (X. Сущинский), «Левобережный» (полковник Ф. Яхеч), «Мазовия» (подполковник Т. Табачинский).
Самостоятельные округа: «Варшава» (полковник А. Хрусцель), «Кельне» (полковник С. Двожак), «Лодзь» (полковник М. Стемпковский), «Краков» (полковник И. Спыхальский), «Силезия» (полковник Зыгмунт Вальтер-Янке), «Люблин» (полковник Казимеж Тумидайский), «Вильно» (подполковник Александр Кшижановский), «Волынь» (полковник К. Бомбиньский).
Несмотря на более чем солидную структуру, в конце августа 1943 года в Армии Крайовой насчитывалось всего лишь 40 отрядов и партизанских групп. Общая численность этих подразделений не превышала 2 тысяч человек. Причем добрая половина этих партизан находилась на территориях, расположенных восточнее Буга (к западу в основном действовали формирования «Крестьянских батальонов»). Надо сказать, что это не было случайным стечением обстоятельств — «восточные окраины» были главной головной болью АК. Вопреки здравому смыслу и соглашениям польские националисты упорно не желали возвращать украинцам и белорусам их западные земли.
Эмигрантское правительство и Главный штаб АК занимали позицию так называемой «ограниченной борьбы», они не были заинтересованы в развитии массового партизанского движения в стране, пока Красная Армия отступала. Умышленно ограничивалась численность подразделений повстанцев, перед которыми прежде всего ставились задачи по организации самообороны населения и проведения выборочных терактов и диверсий. Это было отражено в приказе Главного коменданта АК, датированном 13 марта 1943 года.
В отличие от коммунистических партизанских и военизированных формирований Армии Людовой (или Войска Польского) ориентировавшиеся на Лондон националистические повстанцы не хотели оказывать Советской Армии помощи в освобождении страны. Большинство этих отрядов придерживалось позиции выжидания в отношении германских войск. В основе этой позиции лежала концепция «двух врагов» — Германии и СССР.