Власть в Речи Посполитой была разделена между тремя силами, а сложившееся в первой половине XVI века равновесие препятствовало введению каких-либо принципиальных новшеств в сфере управления государством. В 30-е годы XVI столетия под лозунгом «исполнения» прежних прав и возвращения королевских владений формируется политическое движение шляхты, получившее название экзекуционного движения. Политически активная часть шляхетского сословия стремилась добиться влияния на монарха, давая ему, таким образом, шанс укрепить собственную власть. Программа «экзекуции прав», связанная с польской Реформацией и распространением идей гуманизма, долгое время оставалась в сфере постулатов. Но сила шляхты заключалась в том, что именно ей принадлежало право определять уровень налогов, и король был не в состоянии получить необходимые ему средства другим путем, хотя скудость королевской казны объяснялась не только отсутствием кредитования со стороны мещанства. Экзекуционисты, не соглашаясь с экономическими привилегиями католического клира, требовали независимости от Рима. Но им не удалось создать национальную Церковь. По всей видимости, ни король, ни шляхта не нуждались в столь радикальном решении проблем. Реформация, однако, получила среди шляхты довольно широкое распространение, и в середине XVI века Речь Посполитая являлась государством нескольких религиозных вероисповеданий. Это, впрочем, не изменило общего направления эволюции общества и государства.
В конце 50-х годов XVI века постепенно нарастало ощущение бесплодности спора, который длился в течение двух десятилетий. Сигизмунд Август, который остро нуждался в средствах на ведение войны в Ливонии, пошел на сближение с посольской избой. На Пётрковском сейме 1562–1563 годов были утверждены требования экзекуционистов, и в первую очередь требование произвести ревизию полученных магнатами прав на владение королевскими землями, что должно было ослабить позиции знати; было решено, что четвертая часть доходов с этих земель будет выделяться на содержание постоянной армии. Шляхта попыталась переложить обязанность по защите государственных границ на короля и крепостных. Стремясь обезопасить себя от возможных притеснений со стороны монарха, шляхта сохранила за собой право на неповиновение королю. Но союз короля со сторонниками реформ не принес успеха ни одной из сторон, а в 1569 году и вовсе разразился конфликт сторон: чтобы заставить шляхту реформировать налоговую систему, король всячески сдерживал реформу апелляционного судопроизводства.
Агитация вокруг программы экзекуции и планов переустройства Речи Посполитой, особенно активно проводившаяся на сеймах 1564 и 1565 годов, значительно ослабла после смерти Сигизмунда Августа, хотя борьба за власть и за передел доходов все еще продолжалась. Шляхта ревниво следила за тем, чтобы раздача владений и должностей не приводила к усилению позиций короля. В 1573–1575 годах была установлена главенствующая роль сейма в политической жизни. Но прерогативы, полученные сеймом, были своего рода авансом. В условиях дальнейшего усиления имущественного расслоения шляхты это привело в XVII веке к усилению роли магнатов.
Продолжалось присоединение к Речи Посполитой новых земель. Мазовия включалась в состав польского государства постепенно, на протяжении XV и XVI веков (по мере угасания местной княжеской династии). Их окончательная инкорпорация завершилась в 1526–1529 годах. На протяжении последующих 50 лет Мазовия в полной мере интегрировалась в состав Речи Посполитой, хотя и слыла самым бедным регионом, известным своей чрезвычайно многочисленной (до 40 % населения) мелкопоместной, задиристой и весьма невежественной шляхтой. Но благодаря тому, что Варшава стала столицей, этим землям суждено было стать символом всех польских земель. После Великой Польши пришло время Мазовии стать синонимом всего «польского», хотя это и произошло уже в эпоху утраты государственности. Наряду с территориальной интеграцией в XVI веке рождалось осознание общности интересов и ощущение единства. Но этот процесс затронул польские земли не слишком глубоко и не преодолел их разнородности. Двойственный характер идентификации шляхты с польской землей и с Речью Посполитой облегчал территориальную экспансию без одновременного усиления государства.
Иначе сложились судьбы прусских территорий, где интересы и сознание местной знати радикально отличались от тех, что были присущи основной массе польской шляхты. Тевтонский орден не отказался от идеи вернуть утраченные в предыдущем столетии территории. Для реализации своих устремлений он легко находил поддержку в империи, поскольку Габсбурги видели в Ягеллонах своих соперников за гегемонию в Центральной Европе. Данциг (Гданьск) связывали с Польшей деловые интересы, при этом руководство города предпочитало придерживаться совершенно независимой от Речи Посполитой политики. Данцигский патрициат стремился не подпускать Речь Посполитую близко к Балтике и был совершенно не намерен подчиняться ее налоговой политике.