Поляки прибыли в Среднюю Азию как раз в тот момент, когда отношения между польским и советским правительством накалились до предела. Немцы обнаружили в районе небольшого городка Катынь могилы с останками 4000 польских офицеров. Поляки полагали, что повинными в этом массовом убийстве могли быть как нацисты, так и советские части. Более того, подозрения против советских чекистов выглядели более убедительными, поскольку советская сторона отказывалась дать разъяснения относительно судьбы 15000 польских офицеров, захваченных Красной Армией в 1939 г. Если они действительно попали в руки нацистов, то почему Советы попросту не обнародуют этот факт? Поляки добились расследования под эгидой Международного Красного креста. Советское правительство расценило это как повод для разрыва дипломатических отношений и обвинило поляков в сговоре с нацистами. Советское правительство рассчитывало, что послевоенное руководство Польши должно быть «дружественным» по отношению к СССР, другими словами, быть сформированным в соответствии с желаниями Сталина. В знак дружественных намерений Советский Союз требовал от правительства Сикорского признать советскую аннексию половины территории довоенной Польши в обмен на небольшую часть немецких земель, которые предполагалось отобрать у Германии в ходе послевоенного переустройства Европы. И Черчилль, и Рузвельт на совещаниях в Тегеране и Ялте согласились с этими предложениями. Во внешней политике США и Великобритании доминировало дружелюбное отношение к СССР, кроме того, Черчилль и Рузвельт старались задобрить Сталина в тот момент, когда советские войска несли на себе основные тяготы войны на наземных фронтах. Общественное мнение в Великобритании и Соединенных Штагах было настроено просоветски, а позиция Польши представлялась неким забавным казусом, порождением слепого антибольшевизма и даже антисемитизма. Это была несправедливая позиция, но многие американцы и британцы в то время наивно верили в идею «советского рая», которая рассыпалась значительно позже, когда им стало известно о злодеяниях, совершенных сталинизмом. Разрыв отношений между польским правительством и Сталиным стал трагедией; советская сторона получила возможность сформировать в Москве собственное марионеточное польское правительство. Оно, в свою очередь, объявило о создании собственной армии, которая должна была сражаться бок о бок с советскими войсками вместо армии Андерса.
Между тем Польская армия вновь вернулась на поля сражений, правда это касалось лишь небольшой ее части. В сентябре 1941 г. Карпатская бригада генерала Станислава Копаньского была переброшена в Египет для участия в обороне Тобрука. Бригада была сформирована в 1939 г. в Сирии из польских солдат, прибывших на Ближний Восток через Балканы. После падения Франции бригада перешла в ведение британской армии.
Бригада состояла из трех пехотных батальонов и кавалерийского полка (по численности равного батальону). Бригада обороняла западную часть периметра Тобрука, а во время декабрьского прорыва сумела отбросить итальянскую дивизию «Брешия» и занять Акрому. В битве под Газалой поляки действовали бок о бок с новозеландскими частями. В начале 1942 г. бригаду вернули в Палестину, где ее кадры использовали для формирования и оснащения новых частей из польских военных, прибывших из СССР.
В июне 1943 г. генерал Сикорский погиб в авиакатастрофе над Гибралтаром. Это была очень большая потеря, так как Сикорский был одним из немногих влиятельных поляков, пользовавшихся одинаковым доверием как у соотечественников, так и у правительств США и Великобритании. Другого лидера такого же масштаба не было. Командование армией перешло к генералу Казимиру Соснковскому, а премьер-министром польского правительства в изгнании стал Станислав Миколайчик.