О том, что это допущение было своего рода, сердцем рассматриваемой доктрины свидетельствует тот факт, что с самого начала главная ее теоретическая трудность заключалась в объяснении того, каким образом сознание может воздействовать на тело и воспринимать воздействия от него. Как такой ментальный процесс, как воление может инициировать пространственные движения, к примеру, движения языка? Как физическое изменение в зрительном нерве может среди других следствий иметь восприятие сознанием вспышки света? Эти хорошо известные затруднения сами по себе демонстрируют те логические формы, в которые Декарт втиснул свое учение об уме. Это были те же самые формы, в рамках которых он и Галилей строили свои теории механики. Все еще невольно тяготеющий к языку и грамматике механики, Декарт пытался избежать конфуза путем описания сознания, просто придерживаясь дополнительного словаря. Работа сознания описывалась через отрицание специфических дескрипций, относящихся к телесному: ум не находится в пространстве, он не движется, не является видоизменением материи, он не доступен всеобщему наблюдению. Умы не являются частями часового механизма, они — части нечасового механизма.
Представленные подобным образом, сознания оказываются не только призраками, сопряженными с машинами, они сами суть призрачные машины. И хотя человеческое тело является двигателем (engine), двигатель этот не простой, ибо часть его функций находится в ведении другого двигателя внутри него. Причем этот внутренний двигатель-правитель обладает весьма специфическими свойствами. Он невидим, не воспринимается слухом, он невесом и не имеет размеров. Его нельзя разобрать на части, а законы его функционирования не ведомы обычным инженерам. Ничего не известно и о том, как он управляет функционированием телесного двигателя.
Второе главное затруднение официальной доктрины выказывает сходную мораль. Поскольку сознания подводятся под ту же категорию, что и тела, и поскольку тела подчинены строгим механическим законам, то многим мыслителям кажется последовательным, что и сознания должны подобным же образом подчиняться строгим немеханическим законам. Раз физический мир является детерминированной системой, то и ментальный мир должен быть такой же системой. Раз тела не могут избежать предписанных им изменений, то и сознания не могут не следовать предначертанному им пути.