Тюрьма образца 1923 года еще не превратилась окончательно в ту садистски жестокую темницу, какой она стала полтора десятка лет спустя. После первых допросов профессора-епископа перевели из подвальной одиночки в более просторное общее помещейие. Гулять подследственных выводили на большой двор. Пятнадцатилетняя дочь Войно-Ясенецкого Лена имела возможность приносить отцу не только пищу, но и бумагу и карандаши, ибо, как и дома, он продолжал в заключении работать над своими «Очерками гнойной хирургии». Чтобы завершить первый том (выпуск) монографии, ему оставалось дописать последнюю главу о гнойных болезнях среднего уха. В камере писать было невозможно, и Лука обратился к начальнику тюрьмы с просьбой предоставить ему для научной работы специальное помещение. Разрешение последовало. Мы можем лишь удивляться либеральности эпохи, когда были возможны и такие просьбы заключенного, и такие ответы начальства.
Так или иначе епископу-арестанту разрешили после окончания рабочего дня занимать тюремную канцелярию и там писать свою книгу до отбоя. Монографию удалось завершить, в Медицинском государственном издательстве ее даже одобрили. Но ни первый, ни второй выпуск ее в двадцатые годы света так и не увидели: книга вышла лишь одиннадцать лет спустя, в 1934 году. Сохранился любопытный эпизод, связанный с попыткой издать «Гнойную хирургию» в двадцатых годах. Прежде чем кануть в восточно-сибирской ссылке, Войно-Ясенецкий успел обратиться к наркому просвещения А. В. Луначарскому, ведавшему также наукой и делами издательскими. Заключенный профессор просил у наркома не свободы и не справедливого суда. Интересовало его совсем иное: он хотел, чтобы на обложке будущей медицинской монографии рядом с фамилией автора обозначен был его духовный сан. Луначарский ответил решительным отказом. Советское государственное издательство не может выпускать книг епископа Луки. Отпечатанный на машинке ответ наркома Войно-Ясенецкий с большим огорчением показывал позднее в ссылке студенту-медику Ф. И. Накладову.
...Все лето 1923 года в Ташкенте продолжалась борьба «живой церкви» против священников и верующих, преданных традиционному православию. Власти делали все, чтобы расчистить дорогу своим ставленникам. Арестовывали каждого, кто оставался верен Тихону и тихоновскому епископу Луке. «Туркестанская правда» на своих страницах вела непрерывную травлю явных и тайных противников «живой церкви». Заголовки газетных статей той поры достаточно выразительны: «Поп-мошенник», «Завещание лжеепиокопа Ясенецкого», «Гибель богов». Первого августа газета вышла с большим интервью, которое дал все тому же корреспонденту Горину вновь назначенный обновленческий епископ Николай Коблов. Имя Ясенецкого повторялось в интервью несколько раз и всякий раз в сопровождении политических проклятий. Деятельность Луки в Ташкенте «обновленец» оценил именно так, как это выгодно было для его хозяев: "...Контрреволюционная демагогическая работа». Затем «епископ» Николай сделал корреспонденту заявление совсем уже в духе тех доносов, что делал в Москве Председатель Всероссийского церковного управления (ВЦУ) Красницкий: «Последней и главной опорой тихоновщины считаю не религиозные, а политические мотивы. Кто предан искренне советской власти и новому социалистическому порядку, тот не может противиться обновлению и ВЦУ».
К середине августа все было кончено: все храмы в городе перешли к «живоцерковникам». Но... храмы эти стояли пустыми. «Завещание» епископа Луки — несколько десятков перепечатанных на машинке листочков — оказали на прихожан значительно большее влияние, чем газетные заклинания партийных пропагандистов и «живоцерковников». Пока Ясенецкий оставался в городе, его слово, его запрет на сношение с «вепрем» звучали для тысяч верующих как голос пророка. В ГПУ поняли: Луку надо как можно скорее выслать за пределы Туркестана. И вот, «оформив» Войно-Ясенецкого как политического преступника, Петерс отправил его в Москву, в распоряжение Главного Политического Управления. Последняя «милость» ГПУ состояла в том, что «опасный» арестант получил сутки на сборы и прощание с семьей.
Всю ночь большая квартира главного врача была полна прихожанами. Люди шли проститься с человеком, пользующимся в городе абсолютным уважением и доверием, верующие жаждали услышать последнее наставление. Утром, побывав на могиле жены, Лука направился на вокзал. Ехать ему разрешили не в арестантском, а в пассажирском вагоне. Надо полагать, в этот утренний час люди Петерса испытали наконец облегчение: операция «епископ» завершилась успешно. Лука попадает теперь в дальнюю, долгую ссылку, откуда ему едва ли суждено вернуться. А без него совсем нетрудно будет навести порядок в церковной жизни города. И все же в последний миг, когда поезд уже трогался с места, чекисты испытали еще одну встряску. Несколько десятков верующих мужчины и женщины — легли на рельсы, они не желали отпускать своего пастыря. Ташкент снова продемонстрировал профессору-епископу Войно-Ясенецкому любовь и преданность.