Кроме того, существовала обычная практика ежедневных жертвоприношений (два барашка на рассвете, два – на закате), в каждом из которых участвовало 13 священнослужителей. Разумеется, простые евреи-мужчины не могли входить в святилище, но они могли видеть, что там происходит, поскольку при службе двери держали открытыми. Каждая служба заканчивалась ритуальным винопитием, чтением священного писания и пением гимнов и псалмов. Хористам аккомпанировал оркестр в составе трубы, 12-струнной арфы, 10-струнной лиры и бронзовых тарелок; звуками серебряного горна и рога отмечали стадии литургии. Ритуал жертвоприношения потрясал гостей своей варварской экзотикой; тем более что большинство паломников прибывали в праздники, когда количество жертв было огромным. В такие дни внутренняя часть Храма производила жуткое впечатление: рев и мычание испуганного скота смешивались с ритуальными возгласами и воплями, а также звуками, которые издавали рог и горн; к тому же повсюду была кровь. Автор «Письма Аристея», еврей из Александрии, побывавший здесь в качестве паломника, рассказывает, что он видел, как в жертвоприношении участвовало 700 священников, которые делали свое дело молча, но с большим профессиональным мастерством, укладывая тяжеленные туши на положенное место на алтаре.
Из-за огромного количества животных их забой, спускание крови и разрубание туш должны были производиться очень быстро. Для того чтобы справиться с фантастическим количеством крови, площадка была оснащена соответствующей системой дренажа. Здесь было размещено 34 цистерны, самая большая из которых под названием «Великое море» имела емкость около 8 кубометров. Зимой в них хранили дождевую воду, а летом дополнительное количество воды подводилось по акведуку из расположенного южнее Шилоамского пруда. Бесчисленные трубы подавали воду на поверхность площадки; потоки крови отводились через многочисленные сливы. Аристей писал: «У основания алтаря имеется много отверстий для воды, невидимых для всех кроме участников жертвоприношения, причем даже большое количество крови отводится и смывается в мгновение ока».
В праздники Храм заполняла буйная толпа, для входа которой ворота распахивались в полночь. В Святую Святых мог входить только первосвященник, причем раз в году (в День Искупления); однако по праздникам занавес поднимался и евреи-паломники могли заглянуть сквозь ворота святилища и увидеть священные сосуды. Каждый паломник приносил как минимум одну личную жертву (отсюда – огромное количество животных). Возможность жертвовать предоставлялась и иноверцам. Храм Ирода пользовался всемирной известностью и уважением, и, согласно Иосифу Флавию, ряд выдающихся лиц неиудейского вероисповедания делали жертвы, чтобы выразить свое почтение и ублажить еврейское общественное мнение. Так, в 15 г. до н.э. друг Ирода Марк Агриппа сделал широкий жест, принеся в жертву 100 животных (гекатомбу).
Храм был исключительно богат, по крайней мере, в те времена, когда его не грабили. Зарубежные монархи и государственные деятели от Артаксеркса до императора Августа одаривали его многочисленными золотыми сосудами, которые сберегались в специальных скрытых в глубине хранилищах. Евреи со всей диаспоры слали сюда деньги и посуду (подобно тому, как шлют сейчас в Израиль), и, по словам Иосифа Флавия, он стал «главной сокровищницей евреев». Так, Гиркан, глава богатой семьи сборщиков налогов, «вложил сюда все богатство своего дома». Но главным и постоянным источником дохода был налог в полшекеля, которым облагались все евреи мужского пола старше двадцати лет.
По отношению к Храму Ирод проявлял исключительную щедрость, он даже оплатил все работы по сооружению нового здания из собственного кармана. Понизив важность поста первосвященника, который занимал ненавистный саддукей, Ирод автоматически повысил значимость своего ставленника-фарисея, сегана, под контроль которого попали все регулярные функции Храма, и гарантировал, что даже первосвященники-саддукеи проводили литургию по-фарисейски. Поскольку у Ирода были приличные отношения с фарисеями, ему, как правило, удавалось избегать конфликтов между Храмом и правительством. Однако этот союз распался в последние месяцы его жизни. В качестве одного из мероприятий по украшению Храма по распоряжению Ирода над главным входом был установлен золотой орел. Евреи из диаспоры восприняли это с восхищением; однако благочестивые столичные евреи, включая фарисеев, энергично выступили против, а группа студентов Торы взобралась на ворота и разбила орла на куски. Ирод болел в своем дворце вблизи Иерусалима, но действовал, как всегда, энергично и безжалостно. Первосвященник был смещен. Студентов выявили, арестовали, приволокли в цепях в Иерихон, судили в римском театре и сожгли заживо. Дым от этой жертвы в пользу ущемленной щедрости и самомнению еще не успел рассеяться, как Ирода на носилках доставили к горячим источникам в Каллироэ, где он скончался весной 4 г. до н.э.