Придворные обязанности нередко отрывали Гарвея-ученого от занятий физиологией. В 1630–1631 годах он сопровождал герцога Леннокса в поездке на материк; в 1633 году ездил с королем в Шотландию; в 1636 году «маялся» в свите германского посла. С началом революции Карл I бежал из столицы, и Гарвей вынужденно последовал за ним. Повстанцы разграбили лондонскую квартиру ученого, уничтожив все рукописи по сравнительной и патологической анатомии, эмбриологии, созданные в результате многолетних исследований.
Вильям Гарвей находился при дворе Карла во время знаменитого Эджгильского сражения, но по окончании народной войны поселился в Оксфорде: тихий город временно служил королевской резиденцией. Придворный медик был назначен деканом в университете, но в 1646 году Оксфорд осадили повстанцы, и Гарвей вновь отправился странствовать. Однако с этого времени он отошел от политики, в которой ранее принимал участие в силу должностных обязанностей. Поселившись в Лондоне, на свои средства построил дом для заседаний коллегии врачей, расположив здесь же библиотеку. Кроме того, коллеги получили от Гарвея богатую коллекцию медецинских препаратов, инструментов и книг.
В последние годы жизни ученый занимался преимущественно эмбриологией, написав книгу «Изучение зарождения животных» (1651 год). Этот труд стал первым систематическим, законченным трактатом по эмбриологии, где описан процесс развития «яйцеродящих животных». Наблюдения проводились невооруженным глазом. Развитие зародыша прослежено удивительно точно, но текст не дополнялся иллюстрациями, что невыгодно отличало книгу Гарвея от сходного труда М. Мальпиги. Материал для исследования предоставлял Карл I, не жалевший для науки своих охотничьих трофеев. Король отдавал в лабораторию оленей, мелких зверушек и птицу.
Именно Гарвей первым высказал мысль о том, что пористая скорлупа яиц пропускает воздух к зародышу. В несколько туманной форме книга знакомила с основными идеями эмбриологии. Автор описал первичную идентичность различных типов, постепенное формирование органов, сходство переходных форм в развитии зародыша человека и животных. Несмотря на недоработку отдельных положений, ученый обогатил эмбриологию крупными открытиями, четкими обобщениями, заложив основу для дальнейших исследований.
Ко времени выхода в свет «Изучения зарождения животных» заслуги автора неожиданно нашли признание в ученом мире. Вильям Гарвей доживал свои последние годы в уважении и славе. Молодые английские физиологи считали его своим предшественником. Создателю теории кровообращения посвящали стихи известные поэты. По инициативе Лондонской медицинской коллегии в зале заседаний общества поставили статую Гарвея, а в 1654 году он был избран главой столичных врачей. Однако больной, чрезвычайно уставший физиолог отказался от почетного звания президента Лондонской медицинской коллегии, сославшись на старость. В конце июня 1657 года Гарвей заметил у себя первые признаки паралича. Осознав приближение смерти, до начала агонии он успел распорядиться относительно своего научного наследия.
Одним из первых теорию Гарвея признал врач, физиолог и анатом Санторио Санторио, произносивший свое итальянское имя на латинский манер — Санкториус (1561–1636 годы). Будучи представителем ятрофизики, профессор университета в Падуе впервые применил экспериментальный метод исследования и математическую обработку данных, а также изобрел прибор для измерения температуры человеческого тела.
Громоздкий, но довольно точный термометр состоял из шарика и длинной извилистой трубки, заполненной подкрашенной жидкостью. Температура тела измерялась посредством произвольно нанесенных делений, после того как человек согревал шарик руками или брал его в рот. Изменение уровня жидкости происходило в течение 10 ударов пульса. Прибор Санкториуса стал достижением медицины своего времени; его установили во дворе дома ученого и проводили эксперименты на всех желающих.
Позже неутомимый исследователь Санкториус сконструировал специальную камеру-весы, где изучал обмен веществ, лично выступая в качестве объекта опытов.
Сложный прибор позволял производить количественную оценку усвояемости пищевых продуктов и выделений организма путем взвешивания самого себя. Результаты экспериментов были представлены в трактате «О медицине равновесия» (1614).
Одновременно с Санкториусом над созданием термоскопа работал ярый противник схоластики, механик, астроном и естествоиспытатель Галилео Галилей (1564–1642 годы). Прибор великого итальянца представлял собой стеклянный шар с тонкой припаянной трубочкой, также выполненной из стекла. Когда ее свободный конец погружался в сосуд с подкрашенной водой или вином, шар нагревался человеческим теплом, а воздух расширялся. По мере остывания шара вода поднималась вверх до определенной метки.