Служба при дворе эмира Шамс ад-Давла началась с должности личного медика, но скоро ее совместили с постом визиря. После смерти владыки за попытку перейти на службу к правителю Исфахана ученый четыре месяца провел в тюрьме. За 10 лет пребывания в Хамадане Авиценна создал множество произведений, в том числе несколько томов философской энциклопедии «Книги исцеления». Трактат был завершен в 1023 году уже в Исфахане, где он исполнял обязанности врача при дворе эмира Ала ад-Давла и спокойно прожил последние годы. Постоянные скитания, напряженная работа над книгами, бессонные ночи надломили здоровье ученого. По собственному свидетельству, его мучила колика, от которой он скончался, не достигнув 60 лет.
Из 450 сочинений, упомянутых в биографиях, до нашего времени сохранилось только 240 книг по медицине, философии, логике, психологии. Рукой Авиценны написаны труды по естествознанию, астрономии, математике, химии, этике, языкознанию. Помимо «Книги исцеления», среди философских работ наиболее известны «Книга знания», «Книга спасения», «Указания и наставления». Сохранив наследие предшественников, восточный медик создал собственную философию, ставшую вершиной развития теоретической мысли. В ней отчетливо видна материалистическая тенденция, стремление противопоставить слепой вере истинно научные знания, основанные на опыте и логичных выводах. В сфере психологии его труды представляют связь отдельных форм психической деятельности человека с определенными частями головного мозга.
Принято считать, что из всех областей знаний, которыми занимался Авиценна, наибольший вклад он внес в медицину. Если для истории медицины выдающимися достижениями являются новые идеи, значительно опережавшие свое время, то для людей наиболее существенными представляются открытия в практическом врачевании: диагностике, клинике, собственно во врачевании и гигиене.
Гению Авиценны принадлежит попытка внедрения эмпирического метода в патологию и лекарствоведение, утверждение естественно-научной сути медицины: предположение о невидимых существах, вызывающих лихорадочные заболевания и способных распространяться через воздух, воду и почву. Более 30 медицинских сочинений Авиценны по содержанию условно разделены на следующие группы:
— труды общего характера, в которых освещаются почти все области медицины, рассматриваются теоретические вопросы;
— труды о конкретных болезнях и средства их лечения;
— труды по лекарствоведению.
Небольшие работы по лекарствоведению, например «О свойствах цикория», «О свойствах уксуса», объединяют разрозненный опыт прошлого и содержат авторские суждения, результаты личных наблюдений. В «Книге о лекарствах при сердечных болезнях» указано на благоприятные условия проверки их действия в больнице. Предлагается система испытания препаратов, состоящая из экспериментов на животных и своеобразного клинического испытания, то есть проверки действия на человеке. При этом автор мыслил наиболее надежным именно экспериментальный путь и предложил «условия, обеспечивающие чистоту опыта».
Главным медицинским трудом Авиценны является знаменитый «Канон врачебной науки». Подлинно медицинская энциклопедия представляет все древние и современные автору знания, касающиеся профилактики и лечения заболеваний. «Канон» являлся самой известной медицинской книгой, созданной восточным ученым. На протяжении веков труд Авиценны был основным учебным пособием в университетах, оказав огромное влияние на уровень специальных знаний медиков средневековой Европы. В то время передовые деятели науки безрезультатно выступали против господства суеверий, резко отвергали астральные представления, высмеивали «целебные» им свойства драгоценных камней, заговоров, амулетов, противопоставляя рациональные средства диагностики, терапии и гигиены.
Все же большинство медиков охотно применяло мистику, а иногда вовсе заменяло ею рациональное лечение. Эмиров и султанов врачевали с помощью магической цифрологии, предоставляя судьбу владык воле Аллаха. Придерживаясь взглядов Галена на физиологию, восточные коллеги Авиценны не занимались анатомией, без развития которой немыслимо построение рациональной патологии. В «Каноне» содержатся предостережения относительно опасности некоторых лекарств, указания на необходимость выявления их побочного действия, на наличие их взаимодействия в ту или иную сторону (усиления или ослабления) при совместном приеме.