В последние годы жизни созданы «Философия» и «Потаенная философия», «Великая астрономия» и странная «Книга о нимфах, сильфах, пигмеях, саламандрах, гигантах и прочих духах». К тому же времени относятся опыты по созданию искусственного человека, выразительно описанные в одном из его трактатов: «Человеческие существа могут появляться на свет без естественных родителей. Они могут вырасти, не будучи выношенными и рожденными женским организмом, а лишь посредством мастерства искусного алхимика. Создание гомункулов до сего дня хранилось в глубоком секрете, и философы древности подвергали сомнению возможность этого. Однако подобные вещи могут быть осуществлены посредством алхимического искусства. Если сперму, заключенную в плотно запечатанную бутыль, поместить в лошадиный навоз приблизительно на 40 дней и „намагнетизировать“, она может начать жить и двигаться. По истечении этого времени субстанция приобретает форму и черты человеческого существа, однако будет прозрачной и бестелесной».
Далее опыт продлевается еще на 40 недель: «Если теперь его искусственно питать и держать в лошадином навозе при неизменной температуре, оно вырастет в человеческое дитя. Члены его будут развиты так же, как и у любого другого ребенка, рожденного женщиной, но будут намного меньше. Мы называем такое существо гомункулом, и его можно вырастить и воспитать, как и любого другого ребенка. Когда оно станет старше, приобретет разум и интеллект, то будет в состоянии само заботиться о себе. Это и есть одна из величайших тайн, и она, должно быть, останется таковой до того дня, когда будут открыты другие тайны».
В 1541 году измученный скитаниями Парацельс поселился в доме Зальцбургского архиепископа, но прожил у него совсем недолго. Однажды во время обеда на постоялом дворе он по обыкновению поссорился с местными и был убит во время драки.
Мировоззрение Парацельса можно назвать своеобразным теософским натурализмом, определившимся под влиянием Платона и Пифагора, а также навеянным собственными оригинальными взглядами. Сближая химию и медицину, ученый утверждал, что «живые организмы состоят из тех же веществ — ртути, серы, соли которые образуют все прочие тела природы; когда человек здоров, эти вещества находятся в равновесии друг с другом; болезнь означает преобладание или, наоборот, недостаток одного из них». Таким образом, великий медик видел в действии живого организма химический процесс. Следовательно, призванием алхимика, по его мнению, являлось не добывание золота или серебра, а приготовление лекарств, помогающих человеку изгнать болезнь.
Подобно многим своим современникам, Парацельс терзался, понимая собственную противоречивость. Признавая реальность мира и его материальную сущность, он все же непреодолимо увлекался магией. Именно своеобразное раздвоение личности позже привлекло поэта И. Гёте, избравшего Парацельса прототипом главного героя поэмы «Фауст»:
Философия Парацельса отталкивалась от идеи единства мироздания, от взаимосвязи людей, Вселенной и Бога. Назвав человека микрокосмом, то есть малым миром, ученый заключил в него свойства и природу всех вещей. Согласно взглядам Парацельса, человек изготовлен Создателем из экстракта целостного мира макрокосма, а весь процесс походил на грандиозную алхимическую лабораторию.
Параллельное существование человека и мира якобы создает возможность некоего воздействия на природу, причем с помощью тайных средств. Для человека нет ничего запретного, он способен и обязан получать возможные знания, исследовать сущности, находящиеся в природе и за ее пределами. Отличаясь оригинальностью, автор теории предоставлял похожее качество своему микрокосму. Человека не может остановить какая-либо необычность, потому что нет ничего невозможного для Создателя.