Книга третья включала в себя описание кровеносных сосудов и желез. По мнению исследователей, изображение кровеносных сосудов имело существенные недостатки, определенные тем, что автор понимал процесс кровообращения неглубоко, следуя при этом физиологическим догмам Галена. Зато в исследовании кровеносных сосудов Везалий показал большие познания. Об этом свидетельствует тщательное описание артерий и вен: не остались скрытыми законы ветвления артерий, пути окольного кровотока, особенности строения сосудистой стенки. Вены для Везалия являлись сосудами, по которым кровь от печени идет к периферии. Насыщенную жизненным духом кровь от сердца несут артерии. Сердце представлялось рядовым внутренним органом, но никак не центром сосудистой системы, оттого описания самого сердца не имелось. Вены, по Везалию, «стоят выше», чем артерии, но топография вен не совсем точна.
В четвертой книге излагались сведения по анатомии периферических нервов и спинного мозга. Некоторая небрежность в рассуждениях свидетельствует о равнодушии автора к этому вопросу, потому он невольно повторил ошибки Галена. Описав 7 пар черепно-мозговых и 30 пар спинно-мозговых нервов, Везалий не учел седьмого шейного спинно-мозгового нерва. Очевидно, он не понимал различий между корешками спинномозговых нервов. В свою очередь, нервный ствол рассмотрен как сплошное образование, преимущественно как полая трубка, по которой циркулирует «животный дух».
Экспериментальные сведения по анатомии периферических нервов, нервных сплетений, спинного мозга в книге изложены классически, но они не оригинальны и местами ошибочны. Все же периферические нервы туловища, верхней и нижней конечностей описаны правильно. Будучи человеком творческим, Везалий всегда уходил от стандартных описаний Галена, исправляя и дополняя их: «…если ты заметишь, что я порядочно уклонился от мнения Галена, не поленись, очень тебя прошу, проверить его описание». Несомненно, что каждый из крупных периферических нервов исследован лично на трупах.
В пятой книге отражены исследования по анатомии органов пищеварения, выделения и размножения. В соответствии с текстом, мочеполовые органы находятся «в связи и смежности» с органами питания, потому включены в этот раздел. Фактически книга представляла собой комментарии к вскрытиям брюшной полости. Автор разъяснял значение каждого органа, его место в процессе пищеварения, а также связь с другими частями тела. В начале книги помещены 32 рисунка, изображавшие органы на трупе в строгой последовательности, а также их вид на отдельных препаратах и разрезах. Безусловно, автор прекрасно представлял все, что изображено на таблицах и написано в книге. Соображения относительно внутренней структуры органов и объяснения их функций не идеальны, но вполне понятны. Везалий четко описал желудок, кишечник, печень, селезенку, мочевой пузырь, почку. Рассмотрел строение внутренних и наружных половых органов, представил развивающийся плод.
Шестая книга посвящена органам дыхания и сердцу. В частности, описание органов грудной полости подразделялось на 16 глав. Детально описаны оболочка, покрывающая ребра (плевра), трахея, гортань, легкое и сердце. Несмотря на огромный опыт анатомирования, Везалий так и не понял истинной функции сердца. Кроме того, он испытывал серьезные затруднения при оценке наблюдений над работающим сердцем животных. Различал две камеры сердца и признавал, что в перегородке между желудочками нет отверстий, но не смог осмыслить путь перехода крови из правого желудочка в левый: «Я немало колеблюсь относительно функций сердца в этой части».
В седьмой книге сказано о головном мозге и органах чувств. Здесь собраны факты, казавшиеся автору достаточно спорными. При написании данного раздела Везалий располагал малочисленными сведениями относительно внутренней конструкции мозга. Из текста видно, насколько медик сомневался в этом вопросе и все же допустил много ошибок. Однако главные детали головного мозга описаны верно: ствол мозга, мозжечок, ножки мозга, четверохолмие, зрительные бугры, мозолистое тело, большие полушария, желудочки мозга, эпифиз и гипофиз.
Данная книга отличалась четкой систематизацией всех известных сведений по анатомии мозга. Не доверяя предшественникам, Везалий лично проверял каждое суждение. Его изобретением стала техника рассечения мозга на срезы. Сильвий и сам Везалий прекрасно знали способы уплотнения мозга; срез зарисовывался, все крупные детали обозначались на рисунках. Таким образом анатомы получили возможность изучать головной мозг по единой методике, а также представлять свои наблюдения графически.