В сентябре 1989 года Морозов организовал новую группу – ОГПУ им. Ю. Морозова в составе: Александр Бровко, гитара; Виктор Михеев, ак. гитара, бас, вокал; Дмитрий «Фифа» Ермаков (экс-FOX-BOX и т. п.), клавишные, и Сергей Агапов (экс-БУРАТИНО), барабаны. Они дебютировали 23 сентября на I фестивале журнала «Аврора», а потом с различными вариантами состава гастролировали по стране (в т. ч. на фестивале «Бджола-90» в Днепропетровске) и выступали в Питере (Мемориал РОССИЯН в СКК, концерты в честь 50-летия Джона Леннона и 10-летия Рок-клуба, выставка «Реалии русского рока»). Финальная версия группы – Морозов; Бровко, гармоника; Наиль Кадыров (экс-ПОЧТА, ЗООПАРК), гитара; Николай Шандорчук (ПАУТИНА), бас; Кэт (экс-СИТУАЦИЯ, ВРЕМЯ ЛЮБИТЬ), барабаны, выступила 9 ноября 1992 года на битловском празднике «A Day in the Life», проводившемся Колей Васиным в «Юбилейном».
В дальнейшем Морозов, как и прежде, регулярно работал в студии, изредка играл акустическим дуэтом с Михеевым, а позднее с Бровко, однако в 90-х его интересы начали все больше смещаться в сторону литературы: еще в 70-х он стал автором двух неопубликованных и навеянных во многом личными жизненными впечатлениями романов. Позже его рассказы и повести входили в различные сборники и антологии и даже печатались в журнале «Континент». В 1995 году в питерском издательстве «Zero» вышел полуавтобиографический роман Морозова «Подземный блюз».
Морозов много и продуктивно занимался звукорежиссурой: помимо упомянутых выше DDT и ЯБЛОКА, его имя можно встретить на альбомах Александра Ляпина, Вадима Курылева, групп АКВАРИУМ, ТАМБУРИН, АВГУСТ, ПОЧТА, ОБЛАЧНЫЙ КРАЙ, СТАТУС, ДЕЛЬТА-ОПЕРАТОР и многих других. Особое место в этом списке занимают ЧИЖ&Co – во многом именно Юрию Морозову, который записал практически весь их студийный материал и обеспечивал качественный звук на многих концертах, группа обязана своим безупречным саундом. В 1997 году Чиж и его группа, в свою очередь, приняли участие в записи очередного альбома маэстро «Иллюзия» (изданного «SoLyd Records») и в его презентации на сцене КЗ «Петербургский».
Начиная с осени 2000-го записи Морозова (как архивные, так и появившиеся за последние годы) начали выходить под лэйблом компании его старого коллеги и единомышленника Андрея Тропилло «АнТроп».
Дискография Морозова – тема для отдельного исследования: сохраняя свои архивы на протяжении многих лет, музыкант нередко возвращался к своим старым записям, перерабатывая или дополняя их, поэтому как названия, так и содержание отдельных альбомов с годами могли меняться. К тому же, не связанный длительностью стандартного альбома, Морозов выпускал песенные или инструментальные циклы, ориентируясь сугубо на их художественную целостность, поэтому по стране они распространялись в различных формах и наборах. Помимо того, в эпоху эмбрионального капитализма конца 80-х свет увидело несколько компиляций его записей разных лет в различных форматах, иногда со сходным оформлением, но различным содержанием.
В марте 2005 года музыкант закончил работу над очередным альбомом «Обнаженное чувство отсутствия», в записи которого участвовали музыканты групп ЧИЖ&Co, РАЗНЫЕ ЛЮДИ и т. д. Он увидел свет в том же сентябре. Кроме того, весь этот год Морозов по просьбе битлзфана и продюсера Алексея Лямина работал на «Мелодии» над альбомами двух дуэтов – гитаристов Владимира Ткаченко и Виктора Молчанова (ПЕСНЯРЫ) и аккордеонистов Владимира Полякова и Сергея Чипурнова, – исполнявших в своих аранжировках инструментальные вариации на темы песен THE BEATLES. Оба альбома вышли и были презентованы 3 декабря в клубе «Che».
Так уж случилось, что эти записи стали последними в биографии Морозова, а их презентация – его последним публичным появлением. В середине зимы его здоровье резко ухудшилось, в середине февраля он был госпитализирован, но принятые врачами меры не дали результата, и 23 февраля 2006 года Юрия Морозова не стало.
13 апреля в клубе «Орландина» прошел концерт памяти музыканта, в котором участвовали многие из его друзей и почитателей. Там же был представлен и собранный из его архивов альбом «Юрий Морозов исполняет „Битлз“», изданный тем же Алексеем Ляминым. В дальнейшем планируется переиздание остальных архивов Морозова, а также его литературных трудов. Кроме того, в Париже и Петербурге идет работа над посвященным ему документальным фильмом (реж. Владимир Козлов).