Палеогеография — наука еще очень молодая и поэтому многие ее методы еще недостаточно полно разработаны. Мы до сих пор почти совсем не можем воссоздать доюрскую географическую среду на огромных площадях, занятых в настоящее время океанами. Огромный материал, полученный путем глубоководного бурения со специально оборудованных кораблей и платформ, позволяет восстановить физико-географические условия на месте современных океанов с середины мезозойской эры. Все еще слабо разработаны методы реконструкции древних ландшафтов по глубокометаморфизованным и сильно измененным породам. Это значит, что в настоящее время почти недоступна для серьезных палеогеографических построений большая часть протерозойской и соответственно архейской истории Земли.
Представляется, что будущее развитие палеогеографии наряду с углубленным изучением фанерозойской истории отдельных материков будет связано с разрешением перечисленных выше проблем. Можно выделить еще две проблемы, тесно связанные жизнью человечества, — взаимодействие между органическим миром (точнее биосферой) и окружающей средой в прошлом прогнозирование дальнейшего развития природы и биосферы регионального до глобального уровня. Эти проблемы имеют жизненно важное значение для нас и будущих поколений.