Вскоре Турция сумела обеспечить себе право проводить военные учения в международном воздушном и морском пространстве Эгейского моря. Характерной чертой внешней политики Турции этого периода являлось непризнание десятимильного воздушного пространства Греции и его систематическое нарушение. Анкара сохраняла в неизменном виде все свои претензии в районе Эгейского моря. Она продолжала отклонять предложения греческой стороны о передаче спора о делимитации континентального шельфа в Международный Суд в Гааге. Турция вновь поднимала вопрос о соблюдении прав турецкого меньшинства в Западной Фракии.
Она оставалась глухой ко всем призывам Афин о выводе, хотя бы частичном, турецких оккупационных войск с Кипра, находящихся там с 1974 года. Греческое предложение о демилитаризации восточных островов Эгейского моря с целью достижения прочного и справедливого урегулирования кипрской проблемы тоже осталось без ответа. Так, на страницах официальных газет Турции появилась географическая карта, где Эгейское море и Кипр были разделены пополам. Было очевидно, что разговор на разных языках продолжается даже после встречи в Давосе и установления прямой телефонной связи между правительственными кабинетами в целях предотвращения или хотя бы установления контроля над критической ситуацией, которая может возникнуть в двусторонних отношениях.
Очередной виток греко-турецких противоречий начался после окончания холодной войны. Теперь, как могло показаться, уже ни одна сторона не могла сослаться на фактор угрозы с севера. Исчезли также идеологические разногласия между Российской Федерацией и Грецией и Турцией. Каждая сторона этого геополитического треугольника стала чисто прагматически определять направления двусторонних отношений, но именно это и внесло в греко-турецкие отношения нечто новое.
Так, в Москве начали прорабатывать возможность поставок военной техники как в Турцию, так и Грецию. Тяжелое экономическое положение российского ВПК заставляло Москву искать новых партнеров на Баканах и Ближнем Востоке. Наиболее перспективным представлялась именно Греция. Последняя же увидела в военно-техническом сотрудничестве с Россией возможность укрепить оборону своих восточных островов в Эгейском море. В одном из интервью министр обороны Греции А. А. Цохадзопулос заявил, что его страна заинтересована "в приобретении оружия ПВО как малых, так и больших радиусов действия, военной авиации, скоростных кораблей для перевозки крупных воинских контингентов...". При этом министр заметил, что эти корабли "нужны для перевозки войск на острова Эгейского моря". *
Такие перспективы греко-российского военно-технического сотрудничества стали беспокоить Турцию, особенно после заключения в 1997 году между Россией и Кипром контракта на поставку на остров зенитно-ракетного комплекса С-300 ПМУ-1. Кипр, устанавливая связи с российским ВПК, получал дополнительную опору и одновременно оказывал поддержку Греции, которая не могла вести себя так свободно, так как имела определенные обязательства перед НАТО.
Вокруг этого контракта развернулась сложная и многоходовая политическая игра, в которой были задействованы не только подписавшие его государства. Как известно, в северной части Кипра находится воинский турецкий контингент (более 30 тысяч человек), который был введен туда в июле 1974 года с целью защиты турков-киприотов. В свою очередь, Афины неоднократно заявляли, что они гарантируют безопасность Кипрской Республики. По словам упомянутого министра обороны Греции, "любое турецкое нападение на Кипр означает состояние войны между Турцией и Грецией". Это соответствовало и обнародованной Афинами концепции "единого оборонного пространства эллинизма", интегрирующей оборонные усилия Греции и Кипра с целью противодействия турецкой угрозе.
Турция начала активно противодействовать реализации контракта по всем возможным направлениям. Напряжение нарастало по мере приближения срока поставок на Кипр комплекса С-300. Причем каждая сторона стремилась получить выгоду не только от подписания контракта и, наоборот, от его срыва, но и от самой возникшей ситуации вокруг него. Интрига принимала еще более запутанный характер. Поговаривали, что Анкара ввела в торг даже лидера турецких курдов А. Оджалана.
В конечном итоге всем пришлось пойти на компромисс. Контракт не был сорван, но комплекс было решено разместить не на Кипре, а на греческом острове Крит. Транспортировка С-300 велась в обстановке строгой секретности, ибо не исключалась возможность противодействия этому со стороны турецких силовых структур.