Неустанная подпольная деятельность ВМРО привела в итоге к тому, что к 1903 году организация имела разветвленную конспиративную сеть в Македонии и отделения в Софии, Стамбуле и Афинах. С 1900 года началась вооруженная партизанская борьба македонских повстанцев. Болгарское правительство негласно поощряло деятельность ВМРО. Также негласно македонские революционеры поощрялись русскими дипломатическими агентами на Балканах. Вместе с тем посетивший в декабре 1902 года Софию министр иностранных дел России граф Ламсдорф ясно дал понять, что Россия не позволит македонским революционным комитетам втянуть себя в вооруженную борьбу с Турцией. Вместо этого Ламсдорф предложил план создания автономной Македонии под управлением турецкого паши.
Партизанская борьба в Македонии вылилась в массовое Илинденское восстание 1903 года.
Поводом к восстанию стала резня христианского населения Салоник и Битоля, устроенная турками. 15 июля главный штаб ВМРО обратился к великим державам с декларацией, в которой говорилось, что македонский народ начинает борьбу и не сложит оружия до тех пор, пока не добьется освобождения. Начало восстания было назначено на Ильин день - 20 июля.
20 июля началась беспримерная борьба македонцев с турецкими войсками. Бои шли до ноября 1903 года. Восставшим удалось освободить часть территории страны с городом Крушево.
Никто из балканских государств не выступил на помощь македонцам. Болгария не могла в одиночку воевать с Турцией и не собиралась разрывать отношения с Константинополем, зная, что Россия ее в этом не поддержит. Мнения российских дипломатов разделились: русский посол в Софии настаивал на немедленной помощи Македонии, а русский посол в Стамбуле - на суровом подавлении македонского восстания. Англия, Россия и Австро-Венгрия выступили с планом урегулирования македонской проблемы путем осуществления реформ. Турции предлагалось создать автономную македонскую область под управлением турецкой администрации, разрешить назначение в эту область русского и австрийского гражданских агентов, реорганизовать местную жандармерию и допустить присутствие на территории Македонии иностранных военных наблюдателей, провести реформу юридических учреждений, вернуть македонских беженцев и оказать им финансовую помощь. Переговоры о реформах в Македонии затянулись до начала 1904 года, когда началась русско-японская война и внимание России переключилось на восток. Болгария, оставшись без русской поддержки и опасаясь, что Австро-Венгрия, воспользовавшись случаем, введет свои войска в Северную Македонию, поспешила урегулировать свои отношения с Турцией в одностороннем порядке.
Илинденское восстание вызвало отклик во всей Европе. Славянское благотворительное общество в Петербурге выделило в помощь народу Македонии 10 тысяч рублей. Русский Красный Крест начал сбор пожертвований для нужд македонцев. Кампания в защиту Македонии развернулась во всех славянских странах, в Англии, Италии, Франции. Но никакой вооруженной помощи македонцы не получили.
Силы повстанцев, оставшихся в одиночестве, были на исходе. 2 октября 1903 года главный штаб принял решение прекратить борьбу, но в отдельных районах бои велись вплоть до начала ноября. Турецкие каратели устроили массовую резню македонцев, более 20 тысяч беженцев вынуждены были искать спасения в Болгарии, Сербии, Черногории. В южных областях Македонии банды греческих шовинистов, нанятых на Крите и в материковой Греции, развязали настоящий геноцид по отношению к македонскому населению. Весной 1904 года вся Европа была потрясена известием об уничтожении православными греками-шовинистами македонской деревни Загоричани, все население которой православные славяне-македонцы - было вырезано со страшной жестокостью. Это преступление вызвало взрыв антигреческих настроений в Болгарии. Болгарское правительство распорядилось немедленно ликвидировать на территории все церковные приходы, подведомственные Константинопольской православной церкви.
Жертвы македонцев были огромны. Спустя полвека над Охридским озером поднялся памятник павшим в дни Илинденского восстания - стилизованное корневище огромного дуба, лишившегося всех своих ветвей...
Разгром Илинденского восстания обескровил ВМРО. Иллюзии, что македонцы в одиночку смогут добиться освобождения, рухнули. Оставалось ждать освободителей. Вот только что они принесут с собой?
БОСНИЙСКИЙ КРИЗИС (1908 -1909)
В начале ХХ века Балканы продолжали оставаться ареной ожесточенной борьбы великих держав за сферы влияния. Албания и Черногория попали в зону столкновения интересов Австро-Венгрии - "часового Германии на Балканах", по выражению Бисмарка - и Италии. Одновременно в Южной Албании продолжалась экспансия Греции, которая рассматривала эту территорию как часть будущей "Великой Греции".