По другому сценарию продолжался спор между Грецией и Турцией по поводу принадлежности целого ряда островов в Эгейском море. Здесь переплелись проблемы безопасности и экономические интересы, сочувствие и солидарность по отношению к греческому или турецкому населению островов, болезненные воспоминания о прошлом. Поводом для ухудшения отношений могло быть и то, что турки, по мнению греческой стороны, не достаточно уважительно или бережно относятся к памятникам античной культуры и распродают их в зарубежные коллекции.
С тех пор как Греция провозгласила свою независимость, в повестку дня греко-турецких отношений непрерывно ставился вопрос о разделении морских пространств Эгейского моря. Согласно Лондонскому протоколу от 3 февраля 1830 года, подписанному Францией, Великобританией и Россией, с одной стороны, и Оттоманской империей - с другой, острова, расположенные в восточной части Эгейского моря, принадлежат Греции.
В конце XIX - начале XX века Турция теряет одну за другой свои провинции, а вместе с ними и контроль над Эгейскими островами. Во время первой Балканской войны Греция оккупирует множество островов в северо-восточной и центральной части Эгейского моря. Первая попытка узаконить это положение выразилась в подписании Лондонского договора 1913 года, согласно которому Турция уступала остров Крит, а вопрос о других турецких островах в Эгейском море передавался на рассмотрение великих держав. Афинский мирный договор 1914 года, предотвративший едва не возникшую войну между Грецией и Турцией из-за Эгейских островов, подтвердил статью 5 Лондонского договора 1913 года, по которой вопрос о принадлежности спорных островов передавался на рассмотрение великих держав. Поражение Турции в Первой мировой войне и ее тяжелое экономическое, политическое и военное положение были использованы державами Антанты для окончательного раздела бывшей Оттоманской империи.
Согласно Севрскому мирному договору 1920 года, Восточная Фракия с Эдирне (Адрианополем), европейский берег Дарданелл и весь Галлипольский полуостров, а также Измир (Смирна) отходили к Греции. Успехи турецких национально-освободительных сил в борьбе с англо-греческой интервенцией и упрочение международного положения Турции вынудили ряд держав Антанты согласиться на пересмотр договора. Вопрос о разделении островов и морского пространства Эгейского моря частично был решен Лозаннским мирным договором 1923 года.
Греции в настоящее время принадлежат около 2500 островов, а под суверенитетом Турции находятся около шестидесяти островов, расположенных в шести милях от Анатолийского берега. Такое распределение островов Эгейского моря является одной из причин греко-турецкого конфликта, в котором можно выделить четыре основных предмета спора: морское пространство; континентальный шельф; воздушное пространство; юридический статус островов.
Напряженный характер греко-турецких отношений обострил вопрос о демилитаризации восточных островов Эгейского моря и в соответствии с Лозаннским договором 1923 года эти острова были демилитаризованы. В статье 13 этого договора говорится, что "в видах обеспечения сохранения мира, Эллинское правительство обязуется соблюдать следующие меры на островах Митилена, Хиос, Самос и Никерия:
1. Никакие морские базы и никакие укрепления не будут устраиваться на названных островах.
2. Греческой военной авиации будет воспрещено летать над территорией Анатолийского побережья, а турецкое правительство воспретит своей военной авиации летать над названными островами.
3. Эллинские военные силы на названных островах будут ограничены призванным для военной службы нормальным контингентом, который может обучаться на месте, а также численным составом жандармерии и полиции, пропорциональным численному составу жандармерии и полиции, существующему на всей в целом эллинской территории".
На основании статьи 12 принцип демилитаризации распространяется на все греческие острова - Лемнос, Самофракия, Митилена, Хиос, Самос и Никерия. В соответствии со статьями 4 и 6, касающимися проливов, устанавливается демилитаризованный статус островов, расположенных у входа в Дарданеллы. После Второй мировой войны юго-восточные острова Эгейского моря Додеканезские, в силу Парижского договора 1947 года отошли к Греции, и для них был устанавлен режим демилитаризации. Однако в начале 1960-х годов Греция постепенно приступила к ремилитаризации своих восточных островов. Турция с беспокойством следила за нарушениями международных договоров. Только за период 1970-1980 годов турецкая сторона направила более пятидесяти нот протеста по этому поводу, обеспокоенная безопасностью своих восточных границ. Первоначально греческая сторона отрицала тот факт, что проводится милитаризация. С середины 1970-х годов Греция заявила, что она имеет право укреплять в военном отношении свою восточную границу, поскольку обстоятельства, при которых были подписаны Лозаннский и Парижский договоры, изменились коренным образом. По мнению Афин, существует несколько причин, которые не позволяют Греции соблюдать эти договоры.