Слух об этом дошел до новгородского митрополита Исидора, и тот обратился к шведскому главнокомандующему Якобу Делагарди с просьбой отдать нетленное тело. Дела к тому времени у шведов пошли неважно, и ссориться из-за пустяков с митрополитом Делагарди не захотел. Тело перенесли в Софийский собор в новгородском Кремле. Не мудрствуя лукаво, Исидор признал тело за нетленные мощи князя Федора Ярославовича, который княжил в Новгороде с 1228 по 1233 год. Мощи были торжественно захоронены в Софийском соборе.
Исидора нимало не смутило, что хорошо сохранившийся труп принадлежит мужчине лет сорока. Между тем князь Федор умер в возрасте 14-15 лет. Уже в советское время историки и криминалисты занялись изучением «святых мощей» и выяснили, что они принадлежат великому князю Дмитрию Юрьевичу Шемяке, умершему в 1453 году. Судебно-медицинская экспертиза выдала заключение, что князь был отравлен мышьяком, это привело к сильному обезвоживанию организма и мумификации трупа. Самое забавное, что в 1446 году Дмитрий Шемяка собором русской церкви был предан анафеме.
Надо ли говорить, что ни Исидор, ни Пафнутий не удовлетворяли царя Василия. Слабому царю нужен был сильный патриарх. На эту роль среди всех иерархов русской церкви подходил только Гермоген. Но тут хитрый царь решил сблефовать и предложил патриарший престол своему недругу — ростовскому митрополиту Филарету. Официально Филарет не был поставлен в патриархи, но о его избрании сообщили боярам, народу и даже польским послам. Как уже говорилось, царь предложил Филарету разыскать и привезти в Москву мощи царевича Дмитрия. Филарет и сам был заинтересован в экскурсии в Углич, поскольку его сторонники готовили свержение Шуйского.
Попытка переворота 25 мая сильно скомпрометировала Романовых, и ко времени приезда в Москву (3 июня) Филарет уже не считался патриархом (формально — кандидатом в патриархи), а таковым стал Гермоген.
Митрополит Гермоген мог присутствовать при венчании Василия Шуйского 1 июня и произнести речь, а мог и вообще не быть в Москве. Речь же Пафнутия или Исидора могли впоследствии приписать Гермогену.
Гермоген не захотел участвовать или, по крайней мере, проявлять активность в глупейшем фарсе с чудесами вокруг гроба царевича Дмитрия в Архангельском соборе. И лишь когда весь спектакль закончился, 3 июля Гермоген официально принял сан патриарха.
Новый патриарх мог по мелочам конфликтовать с Шуйским, но во всех важных внутриполитических вопросах он безоговорочно поддерживал царя Василия. Естественно, делалось это не из любви к Шуйскому, а потому что Гермоген считал царскую власть единственной опорой русской государственности и православной церкви.
Одной из первых совместных акций патриарха Гермогена и царя Василия стала реабилитация царя Бориса Годунова и патриарха Иова. Раз царевич Дмитрий оказался расстригой Гришкой Отрепьевым, то все его акции по свержению династии Годуновых и патриарха Иова были незаконны.
Поздней осенью 1606 года царь и патриарх устроили народу новое шоу. По их приказу при огромном стечении народа вынули тела Годуновых из ямы в ограде Варсонофиевского монастыря. Останки Годуновых были уложены в гробы. Бояре и монахини пронесли гробы через всю Москву. Ксения Борисовна (инокиня Ольга) провожала гробы своих родных и по обычаю громко рыдала о своих несчастьях: «Ах, горе мне, одинокой сироте. Злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мертвый он терзает русское царство, суди его, боже!»
Похоронили Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре. Шуйский решил не хоронить Бориса в усыпальнице русских царей в Архангельском соборе, где уже покоились мощи царевича Дмитрия. Тогда получилось бы, что тела убитого и убийцы лежали бы рядом.
В начале 1607 года Шуйский придумал еще одну душещипательную церемонию. 3 февраля царь вызвал к себе патриарха Гермогена и других высших духовных лиц, чтобы обсудить с ними государственные дела, а также велел привезти в Москву из Старицы бывшего патриарха Иова. Иов должен был простить всех православных христиан в их клятвопреступлениях.
В Старицу за Иовом отправился крутицкий митрополит Пафнутий с грамотой от Гермогена.