Но, с другой стороны, Романовы не поддержали и Бориса в самые трудные для него дни. Видимо, Романовы участвовали в попытке возведения на престол низложенного царя Симеона Бекбулатовича и в других интригах против Бориса, но никакими достоверными данными на этот счет историки не располагают.
Не было претензий к Романовым и у новоизбранного царя Бориса. Мало того, в сентябре 1598 года царь Борис пожаловал боярство Александру Никитичу Романову, а также романовской родне Михаилу Петровичу Катыреву-Ростовскому и князю Василию Казы Кардануковичу Черкасскому. Формально Романовым не на что было жаловаться, и мирное сосуществование Романовых и Годуновых длилось до 1600 года.
В конце 1599 — начале 1600 года Борис Годунов тяжело заболел. К осени 1600 года состояние здоровья царя настолько ухудшилось, что он не мог принимать иностранных послов и даже самостоятельно передвигаться — в церковь его носили на носилках.
Братья Романовы решили, что настал их час, и начали подготовку к перевороту. Из многочисленных романовских вотчин в Москву стали прибывать дворяне и боевые холопы. Несколько сот вооруженных людей сосредоточилось на Варварке в усадьбе Федора Никитича. Среди них был и молодой дворянин Юрий Богданович Отрепьев.
Однако спецслужба Бориса не дремала. По приказу царя в ночь на 26 октября 1600 года несколько сот стрельцов начали штурм усадьбы на Варварке. Несколько десятков сторонников Романовых было убито при штурме, а многие казнены без суда и следствия.
Обвинение Романовых в организации государственного переворота Годунову было нецелесообразно, поскольку это произвело бы невыгодное для новой династии впечатление как внутри страны, так и за границей. Поэтому Романовым было поставлено в вину колдовство. Братья Никитичи были отданы на суд Боярской думы. Титулованная знать — Рюриковичи и Гедиминовичи — ненавидели безродных выскочек, как Годуновых, так и Романовых. Надо ли говорить, что сочувствия в Думе Романовы не нашли.
Колдовские процессы над знатью в Западной Европе обычно кончались кострами, и лишь в единичных случаях — плахами и виселицами. Однако Годунов поступил с Романовыми относительно мягко. Федора Никитича Романова насильно постригли в монахи под именем Филарет и послали в Антониево-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну также постригли под именем Марфа и сослали в один из заонежских погостов. Ее мать сослали в монастырь в Чебоксары. Александра Никитича Романова сослали к Белому морю в Усолье-Луду, Михаила Никитича — в Пермь, Ивана Никитича — в Пелым, Василия Никитича — в Яренск, сестру их с мужем Борисом Черкасским и детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и его сестрой Татьяной, с их теткой Настасьей Никитичной и с женой Александра Никитича сослали на Белоозеро. Князя Ивана Борисовича Черкасского — на Вятку в Малмыж, князя Ивана Сицкого — в Кожеозерский монастырь, других Сицких, Шастуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.
В царствование Михаила пребывание Романовых в ссылке стало обрастать сказочными подробностями. На Руси всегда любили дураков и мучеников. Поэтому официальная пропаганда тиражировала душераздирающие подробности мучений опальных Романовых.
Так, например, Михаил Никитич Романов был сослан в село Ныроба Пермской волости. В селе имелось всего лишь шесть дворов. Михаила якобы посадили в яму («земляную темницу»). Сверху яма была закрыта настилом из брусьев, засыпанных землей. В яме была сложена небольшая печь. На Михаила надели тяжелые кандалы — цепь на шее весила 1 пуд 39 фунтов (32,4 кг), 19 фунтов (7,8 кг) весили ножные кандалы и 10 фунтов (4,1 кг) — замок к ним. Пристав держал узника на хлебе и воде, а местные крестьяне тайно приносили ему вкусную еду. Через несколько месяцев Михаил умер. По приказу Лжедмитрия I тело Михаила было перевезено в Москву и погребено 18 марта 1606 года в Новоспасском монастыре. Тело его оказалось «нетленным». В селе Ныроба был устроен «мемориальный музей» Михаила. Путешественники в XIX веке видели его знаменитые цепи.
Увы, многие историки с иронией относятся к преданию о мучениях Михаила. А С. М. Соловьев, подробно описавший ссылку остальных Романовых, принципиально не упоминает о Михаиле. Историки задают один и тот же вопрос: если Годунов решил погубить братьев Романовых, то почему он сурово расправился с младшими братьями и создал сравнительно комфортные условия старшему брату Федору Никитичу? От себя добавлю — главному заводчику смуты и основному кандидату на престол.
Позже мы вернемся к бедному иноку Филарету и увидим, что жилось ему совсем не худо.
Борису Годунову, пожалевшему Федора, было не резон убивать его младших братьев и родственников. Просто враги Годунова приписали ему еще несколько смертей. Ну убил злодей двух царей, царевну, свою сестру царицу и датского принца — жениха своей дочери, с помощью колдовства лишил зрения царя Симеона, так почему бы ему не замочить еще полдюжины ссыльных?