Рано утром на Красной площади собралась огромная толпа. Бояре — конкуренты Шуйского — вышли на площадь и предложили избрать патриарха, который должен был стоять во главе временного правления, и разослать грамоты для созыва советных людей из городов. Но сторонникам Шуйского удалось перекричать конкурентов. Специально подобранные добрые молодцы горланили, что царь сейчас нужнее патриарха.
Толпа, ведомая сторонниками Шуйских, вошла в Кремль. Откуда-то появился и сам князь Василий. Шуйского ввели в Успенский собор, где митрополит Пафнутий нарек его на царство. Он отслужил молебен, и князь Василий Иванович стал считаться царем. Злые боярские языки говорили, что Василий Шуйский был не избран, а выкликнут царем.
Итак, царя выбрали без патриарха, но долго ни церковь, ни вся страна не могли обойтись без него. Тем более что в монастыре в Старице томился годуновский патриарх Иов, а в Чудовом монастыре — отрепьевский патриарх Игнатий. Ни тот, ни другой даром не был нужен ни Шуйским, ни Романовым, ни остальным боярам. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчились большинство бояр и высшее духовенство. Голицын, Куракин, Мстиславский и другие бояре горой стояли за митрополита Филарета, в котором видели противовес Шуйским. Их нимало не смущало, что Филарет год назад был простым монахом и никогда не интересовался делами церкви.
Неожиданно царь Василий уступил оппонентам и объявил Филарета патриархом, о чем даже было сообщено польским послам. Противники Шуйского объявили его уступчивость трусостью. На самом деле Шуйский, видимо, не без подачи Пафнутия, задумал хитрый ход. Канонизировав погибшего в Угличе царевича Дмитрия и перевезя его мощи в Москву, он достигал сразу нескольких целей: компрометировал династию Годуновых и, таким образом, снимал с себя обвинения в предательстве царя Бориса; прекращал все слухи о чудесном спасении царевича и, главное, удалял из Москвы опасных ему людей — Филарета, Ивана Михайловича Воротынского, Петра Федоровича Шереметева и других.
Филарет уже организовал заговор против Шуйского и хотел иметь алиби на случай провала. Итак, желания царя Василия и Филарета совпадали. Сборы были недолгие, и Филарет с большой помпой отправился в Углич.
Филарет выполнил задачу блестяще. 28 мая 1606 года при большом стечении народа был вырыт из земли гроб, сняли крышку, и все увидели пятнадцать лет назад похороненного царевича, «яко жива лежащаго всего нетленна, точию некую часть тела своего, яко некий долг отдаде земли». Заметим, что в XX веке на московских кладбищах через 20 лет после погребения в могиле разрешали делать новое захоронение.
Народ, увидев царевича, в единодушном восторге стал славить нетленные мощи как явное знамение святости Дмитрия. Затем последовали новые чудеса: больные, с верой и любовью касаясь мощей, исцелялись. Затем духовенство и бояре под колокольный звон всех церквей Углича вынесли святые мощи из Спасо-Преображенского собора. Процессия направилась прямо по Московской дороге, пролегавшей в то время близ Николосухпродской церкви. Но, не пройдя и ста метров, процессия остановилась, по угличскому преданию, вследствие чудесного события: святые мощи нельзя было никакой силой сдвинуть с места.
Надо ли говорить, что чудеса сами по себе не происходят, просто Филарету была какая-то надобность заехать в Ростов. Полупатриарх, полумитрополит Ростовский заявил, что мощи желают добраться до Москвы не Московской, а большой Ростовской дорогой. В результате процессия сделала большой крюк через Ростов и Переяславль-Залесский.
3 июня царь Василий и мать царевича инокиня Марфа встретили мощи Дмитрия в селе Тайнинском под Москвой. Василий Иванович был несказанно счастлив. Он даже взял в руки гроб и лично пронес его несколько десятков метров. Напротив, инокиня Марфа остолбенела и не могла произнести ни слова до самой Москвы: в гробу она увидела свежий труп чужого ребенка.
Молчал и Филарет. Его заранее предупредили о неудачной попытке свержения Шуйского, но здесь, в Тайнинском, рядом с царем и Пафнутием стоял митрополит Казанский Гермоген. Пока Филарет искал святые мощи да возил их по городам, Шуйский вызвал в Москву нового кандидата в патриархи. Гермоген имел непререкаемый авторитет как в церковных кругах, так и в Боярской думе. Выступить против его интронизации в патриархи никто не решался. И бедолаге Филарету пришлось малой скоростью отправляться в свою епархию.
Вскоре царь Василий отправил Ивана Никитича Романова воеводой в Козельск. Там Никитич отличился — разбил отряд князя Василия Рубец-Мосальского, шедшего на выручку Болотникову. За это царь Василий стал более благосклонно относиться к Романовым, тем более что Филарет два года тихо и богобоязненно сидел в Ростове.
В апреле 1608 года войско нового самозванца разгромило царские полки под Болховым. Виновниками поражения были двое бездарей — воеводы Дмитрий Иванович Шуйский и Василий Васильевич Голицын. Замечу, что оба тоже имели виды на московский престол.