К 1605 году число разбоев явно пошло на убыль. Однако голод, мор и разбои нанесли экономике страны огромный вред. Царю Борису не удалось выполнить обещания и улучшить жизнь людей. Наоборот, жизненный уровень понизился, а в обществе возникла напряженность. Противники Годунова распускали дичайшие слухи и винили во всех бедах России царя.
В начале 1604 года в Кракове появился самозванец, выдавший себя за сына Ивана Грозного Дмитрия. Он утверждал, что вместо царевича был зарезан другой мальчик, а его спрятали неизвестные люди.
Слухи о появлении в Польше царевича Дмитрия проникали в Московское государство не только из Польши, но и через Ливонию, от малороссийских и донских казаков. Первое официальное объявление, данное московскими властями, гласило, что царь, узнав о самозванце, приказал выяснить его личность, и оказалось, что это был чернец Чудова монастыря Григорий, в миру Юрий Богданович Отрепьев. Путая монашеское имя и мирскую фамилию (прозвище), историки называют его Григорием Отрепьевым.
По официальной версии дьякон Григорий, служивший у патриарха, впал в ересь. Патриарх Иов велел отослать его обратно в Чудов монастырь и предать церковному суду. Суд постановил сослать Григория на Белое озеро в Кирилло-Белозерский монастырь. Отправить Григория «в места не столь отдаленные» было поручено дьяку Смирному-Васильеву. Но дьяк Семейка Ефимьев, приходившийся свояком Григорию, уговорил Смирного-Васильева отложить дело «в долгий ящик». Хитрый Гришка тем временем утек за рубеж.
Царь Борис велел вызвать дьяка Смирного-Васильева и спросил, где монах Григорий, но тот «аки мертв перед ним стояша и ничего не мог отвещати». Царь Борис хоть и был разгневан, но поступил довольно умно. Суд над дьяком из-за какого-то беглого монаха давал повод к слухам о спасенном царевиче. Поэтому царь решил провести ревизию — на свою беду дьяк ведал казенными деньгами. Ревизия выявила, что Смирной-Васильев здорово проворовался. За такое дело выводят на правеж и бьют палками. Так вот дьяка вздули так, что тот отдал Богу душу.
Но в остальных мероприятиях против самозванца московские власти действовали крайне бестолково. Царь Борис срочно приказал привезти из монастыря мать царевича Дмитрия инокиню Марфу, в миру Марию Нагую. Марфу поместили в московский Новодевичий монастырь. По одним сведениям, царь Борис и патриарх Иов ездили туда сами на допрос Марфы. Другие источники утверждают, что Марфу привезли ночью в царский дворец, и Борис вместе со своей женой допрашивали ее. Когда Марфа сказала, что не знает, ее это сын или нет, то царица Марья выругалась и бросилась на нее со свечой, чтобы выжечь глаза, но Борис защитил инокиню от своей разъяренной жены. Разговор кончился очень неприятно для Годунова: Марфа, сославшись на уже умерших людей, сказала, что сын ее был спасен и отвезен за границу.
По царскому указу пограничные воеводы роздали сопредельным магнатам и воеводам грамоты о побеге и самозванстве Отрепьева. Но эти грамоты только дали возможность самозванцу уличать показания московских властей в лживости и противоречиях. К примеру, в 1604 году остерскому воеводе была послана грамота от черниговского воеводы князя Кашина-Оболенского. Там говорилось, что царевич Дмитрий сам зарезался в Угличе шестнадцать лет тому назад, ибо это случилось в 1588 году, и погребен в Угличе же в соборной церкви Богородицы. А теперь монах из Чудова монастыря, сбежавший в Польшу в 1593 году, называется царевичем. Москвичи, бывшие при самозванце, доказывали полякам, что в Угличе в 1591 году убили другого ребенка и похоронили его в соборной церкви Св. Спаса, а не Богородицы, да и церкви такой в Угличе вообще нет, доказывали также, что царевич прибыл в Польшу в 1601 году, а не в 1593-м. В 1605 году пришла грамота, что царевич умер в Угличе 13 лет тому назад, а князь Татев писал из Чернигова, что это случилось 14 лет тому назад.
На Боярской думе царь прямо объявил, что подставка самозванца — это дело рук бояр. Эта фраза стала хрестоматийной и кочует из одной книги в другую, но, увы, пока никто из историков не попытался выяснить, кого конкретно имел в виду Борис. В целях пропаганды царю было выгодно объявить Лжедмитрия ставленником польских панов или иезуитов. Ведь и те, и другие ему помогали, и действовал самозванец в их интересах. «Внешнее» происхождение самозванца было на руку московским властям, с учетом неприязни русского народа к полякам и иноземцам вообще.
Однако Борис выбирает самый невыгодный в пропагандистском плане вариант — своим недругам внутри и вне страны он показывает, что измена проникла в высшие эшелоны власти. Значит, Борис знает, о чем говорит, и знает поименно устроителей смуты. Во все времена и во всех странах за такими обвинениями следовали репрессии. Но никаких репрессий на бояр и князей не последовало. Ни жестоких — с виселицами, колесами и колами, ни мягких — ссылок в деревню, отстранения от должности или лишения чинов.