Оба новоизбранных короля поспешили ввести в Польшу по «ограниченному контингенту» своих войск. Максимилиан с австрийцами осадил Краков, но штурм был отбит. Между тем с севера со шведским войском уже шел Сигизмунд. Население столицы предпочло открыть ворота шведам. Сигизмунд мирно занял Краков и немедленно там короновался.
Тем временем коронный гетман Ян Замойский со своими сторонниками дал сражение Максимилиану при Бычике в Силезии. Австрийцы были разбиты, а сам эрцгерцог взят в плен. В начале 1590 года поляки освободили Максимилиана с обязательством не претендовать более на польскую корону. За него поручился брат — император Священной Римской империи.
Новый польский король Сигизмунд III Август был сыном шведского короля Иоанна III и Екатерины Ягеллон, дочери польского короля Сигизмунда II Августа. Иоанн проявлял веротерпимость, зато Екатерина была фанатичной католичкой. Ей удалось заразить религиозным фанатизмом и сына.
Взойдя на престол, Сигизмунд III немедленно приступил к гонениям на диссидентов (то есть некатоликов). В 1577 году знаменитый иезуит Петр Скарга издал книгу «О единстве церкви божией и о греческом от сего единства отступлении». Две первые части книги посвящались догматическим и историческим исследованиям о разделении церкви, в третьей части содержались обличения русского духовенства и конкретные рекомендации польским властям по борьбе с православием. Любопытно, что в своей книге Скарга именует всех православных подданных Речи Посполитой просто «русскими». Скарга предложил ввести унию, для которой нужно только три вещи: во-первых, чтобы митрополит киевский принимал благословение не от патриарха, а от папы; во-вторых, чтобы каждый русский во всех артикулах веры был согласен с римской церковью; и, в-третьих, чтобы каждый русский признавал верховную власть Рима. Что же касается церковных обрядов, то они остаются прежними. Эту книгу Скарга перепечатал в 1590 году с посвящением королю Сигизмунду III. Причем и Скарга, и другие иезуиты указывали на унию как на «переходное состояние, необходимое для упорных в своей вере русских».
В книге Скарги и в других писаниях иезуитов средством для введения унии предлагались решительные действия светских властей против русских.
Сигизмунд III твердо поддержал идею унии. Православные церкви в Речи Посполитой были организационно ослаблены. Ряд православных иерархов поддались на посулы короля и католической церкви.
24 июня 1594 года в Бресте был созван православный церковный собор, который должен был решить вопрос об унии с католической церковью. Сторонникам унии правдами и неправдами удалось принять 2 декабря 1594 года акт унии. Уния расколола русское население Речи Посполитой на две неравные части. Большинство русских, включая и шляхтичей, и магнатов, отказались принять унию.
29 мая 1596 года Сигизмунд III издал манифест для своих православных подданных о совершившемся соединении церквей, причем всю ответственность в этом деле брал на себя: «Господствуя счастливо в государствах наших и размышляя о их благоустройстве, мы, между прочим, возымели желание, чтобы подданные наши греческой веры приведены были в первоначальное и древнее единство со вселенскою римскою церковию под послушание одному духовному пастырю. Епископы (униаты, ездившие к папе —
Повсеместно начались гонения на русских, сохранивших верность православию. Православных священников изгоняли, а церкви передавали униатам. В начале XVII века в Польше происходило то же самое, что и на Западной Украине в начале 90-х годов XX века, только более жестоким образом. Правда, православное население в конце XVI — начале XVII века вело себя не столь пассивно, как в конце XX века.
Вот, к примеру, как действовал униат архиепископ Полоцкий Иосафат Кунцевич. Он велел закрыть (опечатать) все православные церкви в Полоцке, Витебске, Орше и Могилеве. Православные попы были насильственно выселены из этих городов. В результате горожанам приходилось устраивать службы по воскресеньям и в другие церковные праздники в поле за городом. Наконец, Кунцевич приказал выкопать из могил покойников, захороненных на кладбище по православному обряду, и бросить их на поживу собакам. Я здесь пересказал часть жалобы белорусской шляхты польскому сейму. Но жаловаться католикам на католика было просто смешно.
12 ноября 1623 года по всему Витебску ударили колокола, толпы вооруженных горожан вышли на улицу. Архиепископ Кунцевич был буквально растерзан горожанами.