Прохор, единственный брат Димитрия Кидониса, был младше его на одиннадцать лет. Смерть отца и страшные события фессалоникийского восстания, павшие на его детские годы, побудили Прохора юношей оставить мирскую жизнь и стать монахом обители Лавры на Афоне. Летом 1364 г. он принял сан священника.
Осенью 1364 г. патриархом стал вновь Филофей Коккин, сыгравший в период правления Иоанна Кантакузина главную роль в упрочении позиций Паламы и паламизма. Несмотря на свои обещания быть лояльным в отношении антипаламитов, Филофей по получении высшей церковной власти стал отстаивать свою прежнюю платформу. Среди противников патриарха оказался брат месадзона Прохор Кидонис, не проявлявший, должного почтения к Филофею еще во время его вакации 1355—1364 гг. (356, 238). Патриарх неодобрительно относился к латинским штудиям брата премьер-министра (как и самого премьера) и ждал только случая свести счеты. Он поручил игумену монастыря Лавры Иакову Триканасу тайно следить за Прохором. Монахи-лавриоты обвинили его вскоре в приверженности антипаламитам и по настоянию Филофея Прохор должен был зачитать вслух перед собранием монахов анафематствования против антипаламитов Варлаама и Акиндина[18]
, принятые собором 1351г. (146, 274). Прохор, превозмогая себя, зачитал главы собора и подписался.Между тем Прохор не оставлял своих поисков, стремясь найти истину в оценке западной теологии и паламизма. По поручению Филофея игумен Лавры продолжал следить за ним. В келье Прохора были обнаружены сочинения Варлаама, Акиндина и его собственное «Опровержение на неправильные „цитаты текстов в соборном определении». К этому времени Прохором было написано также сочинение «О сущности и энергии» (30, т. 151, 1191 —1242; 206)[19]
. Патриарх, ознакомившись с «Опровержением...», счел, что это сочинение «...превосходит по бесчестию самые отвратительные сочинения Варлаама и Акиндина» (Там же, 698 А).Прохор же считал, что целью его сочинения была защита «апостольской церкви и апостольской веры». Обращаясь к основному вопросу богословских споров — о соотношении сущности божьей и ее свойств, он не разделял бога, как паламиты, на сущность и свойство: «Бог не имеет энергию физическую и субстанциональную, но только сущность» (Там же, 698 С). Прохор полагал, что разные качества составляют в боге одну субстанцию и являют единое целое с сущностью. Он утверждал, что «разумная энергия Бога есть его сущность, что разумная сила Бога есть его сущность, что мудрость Бога есть его сущность, что правда Бога есть его сущность, что воля Бога есть его сущность» (Там же, 699 В).
Противники по богословским спорам разделились в выводах не только по отношению к тезису о божественной сущности, но и по приемам мышления. Паламиты требовали аргументов из Священного писания, а их противники, склонные к авторитету западного богословия, стояли за доказательства от разума, основанные на аристотелевских силлогизмах. Прохор являлся сторонником Варлаама и по теоретическим приемам мышления. Филофей обвинил его в том, что, рассуждая о сущности божьей, он пользуется «не местами священного писания, не словами выдающихся святых, но собственными соображениями, основанными на аристотелевских силлогизмах» (Там же).
Прохор Кидонис, так же как и его брат, видел в использовании принципов логики при анализе более высокий научный метод: «Почему бы в самом деле, имея знание и владея законами его, нам не пользоваться ими для опровержения тех, кто преступает законы мышления и не употребляет этого метода в исследовании истины» (146, 274).
В июне 1368 г. Прохор прибыл в Константинополь, наивно полагая, что при личной встрече с патриархом он сможет его переубедить и подтвердить свою невиновность. Филофей пробовал заставить Прохора отступиться от занятой позиции, дав ему для чтения большое количество литературы пропаламитского толка, однако Прохор стоял на' своем, будучи уверен в своей правоте. Общественно мнение столицы постепенно готовили к неминуемому церковному осуждению священника, посмевшего иметь самостоятельную позицию, отличавшуюся от решения церковного собора.
В конце марта 1368 г. незадолго до пасхи, «дело» Прохора Кидониса было рассмотрено на соборе, где он продолжал отстаивать взгляды, близкие к учению осужденного Варлаама. На соборе были подвергнуты осуждению как критика Прохором учения о божественной энергии, так и его метод критики, основанный на аристотелевской логике. Несмотря на попытку помощи со стороны брата и на написанный текст защитного слова, где он смягчал обвинения оппонентов, Прохор был лишен священнического сана и подвергнут анафеме, изгнан с Афона, лишен права переписки. Решения собора были для Прохора ударом: он надеялся на возможность дебатов, которые, как он полагал, могли бы приблизить спорящих к истине. Будучи далек от политических дел (а паламизм был знаменем политической борьбы и идейно-политическим кредо правящих сил), Прохор не предполагал, что решения собора предрешены.