В июне Непенин произвел набег на германский конвой транспортов в Норчепингской бухте силами отряда Особого назначения (крейсера 6-го дивизиона эсминцев «Богатырь», «Олег», «Рюрик», «Донской казак», «Забайкалец», «Туркменец-Ставропольский», «Казанец», «Стерегущий», «Страшный», «Украина», «Войсковой» и 7-го дивизиона эсминцев «Инженер-механик Дмитриев», «Внушительный», «Внимательный», «Бурный», «Боевой», «Инженер-механик Зверев»). Осуществлялся этот набег под прикрытием британских подводных лодок «Е-19» и «Е-9» и русских подводных лодок «Тигр», «Вепрь» и «Волк».
Балтийский флот по-прежнему продолжал поддерживать наземные операции русских войск, в частности, 12-й армии, наступление частей которой оказал огневой поддержкой линейный корабль «Слава», канонерские лодки «Грозящий», «Храбрый», эсминцы «Стерегущий», «Сибирский стрелок», «Амурец», «Уссуриец», «Гайдамак», «Всадник», «Войсковой», «Донской казак».
В конце августа 1916 года по углубленному Моонзундскому каналу в Рижский залив вышли линейный корабль «Цесаревич», крейсера «Аврора», «Диана», «Баян» и «Адмирал Макаров» с целью пресечь траление немцами Ирбенского пролива.
Под их прикрытием минные заградители «Лена», «Ильмень», минные транспорта «Кимита», «Кивима» и эсминцы 1-го и 2-го дивизионов выставили в Оландсгафе 821 мину. Эсминцы «Новик», «Капитан Изыльметьев», «Десна», «Летун» и «Орфей» поставили между Стейнортом и Бакгофеном — 200 мин. Минный заградитель «Урал» и 4-й дивизион эсминцев в Северном Кваркене установил 120 мин.
Германский ответ не замедлил ждать. В конце осени 1916 года германские военно-морские силы предприняли ряд контрмер. Так, у острова Вормс германской подводной лодкой был торпедирован и потоплен русский эсминец «Казанец».
Невзирая на внутренние потрясения и гибель империи, России требовалось продолжать войну. И война продолжалась. Германия начала новое наступление на Рижский залив, начав с десанта на остров Эзель.
В 1915 году там заработали землечерпалки, дабы углубить Моонзунд до 8,5 метра, т. е. до глубины, позволяющей при необходимости переводить из Финского залива в Рижский и обратно линейные корабли и крейсера.
Остров Эзель интересен тем, что на нем имеется семь крупных впадин. Самая крупная из них — озеро Каами. Происхождение этих впадин долгое время оставалось неизвестным, и лишь в 1950-х годах XX века было установлено, что ими могли быть воронки от падения метеоритов. В южной части острова Эзель на 16 миль вытягивается к Курляндскому берегу и рифом уходит под воду полуостров Сворбе. Его последняя точка — мыс Церель. Между ним и материком лежит Ирбенский пролив. Задача обороны войскам Моонзундского района заключалась в том, чтобы воспрепятствовать проходу германских кораблей в Рижский залив для поддержки фланга своих войск.
Эта задача в 1915 году решалась постановкой минных заграждений в Ирбенском проливе и защитой их кораблями и аэропланами с острова Эзель.
Командование обороной было поручено Ставкой вице-адмиралу Михаилу Коронатовичу Бахиреву, одному из забытых ныне героев. Он родился в столице войска Донского Новочеркасске 17 июля 1868 года и в 1888 году закончил Морской корпус Великую войну Бахирев встретил в чине капитана 1-го ранга и командиром крейсера «Рюрик».
В ноябре 1914 года Бахирев принял командование бригадой крейсеров, во главе которой постоянно выходил в боевые действия. В ряде боев его бригада нанесла германским силам поражение в бою при Эстергарне, после чего был назначен командовать бригадой дредноутов.
В тревожные мартовские дни 1917 года, узнав об отречении государя, адмирал Бахирев при личной встрече обвинил адмирала Непенина в измене присяге монарху и заявил командующему Балтийским флотом о своем уходе. Однако его все же убедили остаться до конца войны. И сразу же возложили почта безнадежную задачу — спасти Рижский залив, назначив начальником Минной обороны Балтийского моря.
Трудность задачи, поставленной командующим флотом вице-адмиралом Андреем Семеновичем Максимовым, преемником Непенина, перед Бахиревым, усугублялась Приказом № 1, полностью уничтожившим на флоте всякую дисциплину без какого бы то ни было вмешательства большевиков.
На большинстве кораблей Балтики и в штабах начали заседать исполнительные комитеты, позволяя себе вмешиваться даже в военные тактические вопросы.
Вопиющий случай произошел 30 июля 1917 года на батарее острова Оланд на Балтийском флоте, куда прибыли управляющий морским министерством и командующий Балтийским флотом. Странная и дикая картина предстала их взорам. Батарея была завалена мусором и камнями, мешающими расчетам действовать при стрельбе орудий; приказ сыграть боевую тревогу выполнен не был, так как «с матросами предварительно никто не переговорил». Через час на мине, поставленной германцами в районе, который должна охранять батарея, подорвался эскадренный миноносец «Лейтенант Бураков» и затонул. Погибло 22 матроса и офицер. Это был крах, вернее, преддверье краха, до которого оставались считанные месяцы.