В Москве Рощаковского приняли с настороженным почтением Примечательно, что, приехав в Советский Союз, он заявил, что является вдовцом и детей у него нет. Возможно, таким образом он хотел ввести в заблуждение сотрудников НКВД и оградить от шантажа своих родных, а может, просто навсегда перевернул для себя семейную страницу жизни. Как бы то ни было, но по прибытии в Советский Союз Михаил Сергеевич получил работу в правлении Нижегородской ГРЭС, заняв должность заведующего иностранного отдела. Однако уже в феврале 1928 года его арестовали и в мае того лее года осудили на три года высылки в Сибирь «за шпионаж и участие в контрреволюционной деятельности». Осужден Рощаковский был не просто так, а за связь с лицами императорской фамилии, проживавшими тогда под надзором в Нижнем Новгороде. По-видимому, вернувшись в СССР, Рощаковский передавал им приветы от родственников из-за границы. Вспомним, что Рощаковский во время проживания в Норвегии ежегодно ездил в Данию на день рождения вдовствующей императрицы Марии Федоровны. Впрочем, уже в июле 1928 года решение суда было пересмотрено и высылку отменили. Рощаковскому было разрешено свободное проживание на всей территории СССР. Итак, в первый раз Рощаковский отделался испугом, проведя в тюрьме каких-то три месяца, а на поселении и вовсе полтора. Думается, его явно кто-то вытащил из ссылки, и бывший царский любимец вернулся на прежнюю работу. Поговаривали, что спасителем Рощаковского был нарком Ворошилов, а возможно; и сам Сталин.
А вскоре Рощаковский был назначен военным консультантом в Наркомат судостроения. Трудился он в Ленинграде на судостроительном заводе. Доподлинно известно, что с Рощаковским беседовал Сталин. К сожалению, нам неизвестно, о чем они разговаривали. Несколько раз бывал Рощаковский и у Ворошилова.
Писатель Лев Разгон, просидевший около месяца в одной камере с Рощаковским в 1938 году, рассказывает, что Рощаковский был одним из главных консультантов в Наркомате судостроения, благодаря чему пользовался всеми известными привилегиями того времени: получал высокую зарплату, имел отдельную квартиру, доступ в спецмагазины, личный автомобиль и прочее. Возможно, все было и так, однако, читая письма Рощаковского к народовольцу Морозову (которые мы приведем ниже), думается, что жил он намного скромнее, чем пишет Разгон. Его то сокращали на работе, то периодически арестовывали, хотя и ненадолго.
Именно в это время Рощаковский и знакомится с Николаем Александровичем Морозовым. Последний был удивительным человеком Член «Народной воли», он занимался пропагандой и террором, за что, после убийства императора Александра Второго в 1881 году, был арестован и приговорен к бессрочной каторге. До ноября 1905 года Морозов содержался в одиночной камере Шлиссельбургской крепости. Находясь в заключении, бывший студент занялся самообразованием, выучил полтора десятка языков, изучил астрономию, физику, высшую математику и химию. Но настоящей страстью узника Шлиссельбурга стала история раннего христианства. Морозов был первым, кто с научной точки зрения разобрал текст «Апокалипсиса» с точки зрения астрономии и на основе этого сделал ряд сенсационных открытий. После революции 1917 года Морозов ушел от политической деятельности и целиком посвятил себя науке. Он стал руководителем научно-исследовательского института в Петрограде. Следствием многолетней работы Морозова стал его знаменитый фундаментальный семитомный труд «Христос», ставший фундаментом т.н. «Новой хронологии» академика А.Т. Фоменко. Прочитав первый же том «Христа», Рощаковский был от него в полном восторге. С это момента начинается долгая переписка этих неординарных людей.
Казалось бы, ну что может связывать бывшего блестящего офицера и любимца императорской семьи с бывшим террористом-революционером? А связала их любовь к истории человечества и огромное желание разобраться в теряющемся во мраке веков прошлом, отыскать истоки нашей цивилизации и отделить правду от нагромождений лжи. И Рощаковский, и Морозов были настоящими романтиками, желавшими, хоть и каждый по-своему, добра своему Отечеству. Отметим, что, судя по переписке, Рощаковский выступает не только поклонником таланта Морозова, но его скрупулезным редактором, критиком и соратником. Кроме этого, откровенные и честные письма Рощаковского дают нам представление об этом нелегком (а когда ему было легко?) периоде жизни нашего героя.