Поэтому 21 апреля 1945 года генерал Дуайт Эйзенхауэр сообщил в Москву, что во избежание недоразумений останавливает свои войска на линии от реки Эльба на севере к реке Мулде и Рудным горам (Крушные горы, в чешском варианте) на границах Чехии на юге, далее описал план действий союзников в Баварии, Австрии и на севере Германии, а также попросил без промедления ознакомить его с планами советских войск в указанных регионах. Ответом ему была информация о том, что планом Красной Армии является захват Берлина, очищение от противника восточного берега Эльбы к северу и югу от немецкой столицы, а также ликвидация крупной группировки немецких войск в долине реки Влтава, являющейся притоком Эльбы, на берегах которой расположена и чешская столица. Хотя прямо название города Прага и четко записанная необходимость его штурма советскими войсками в изначальном документе и отсутствовало, тем не менее из контекста это выходило. Несмотря на это американское высшее военное командование в Европе продолжали засыпать английские предложения по «решению чехословацкого вопроса». Двадцать восьмого апреля 1945 года начальник Генерального штаба вооруженных сил США генерал Джордж Маршалл писал Эйзенхауэру: «…
Эйзенхауэр, естественно, согласился со своим начальником Генерального штаба, а в ответ сообщил, что его главными направлениями являются немецкий город Любек (то есть не пустить русских в Данию) и австрийский Линц (чтобы отрезать немцев от мнимой «Крепости Альпы»).
А так командующим союзническими экспедиционными силами в Европе было принято «соломоново» решение – Берлин, в соответствии со всеми договоренностями между востоком и западом, остался целью Красной Армии, а армия генерала Паттона не останавливалась на старых чешско-немецких границах, а продвигалась на восток до линии Карловы Вары – Пльзень – Чешские Будейовице, захватывая с запада Судетскую часть Германии, являвшуюся до 1938 года еще чехословацкой территорией. Здесь, в ближайшем месте примерно на расстоянии восьмидесяти километров от чешской столицы, американская армия должна была остановиться до дальнейших приказаний. Паттону, в подчинении которого к началу мая 1945 года находилось уже около полумиллиона человек, также еще раз специально намекнули «сверху», чтобы он ни в коем случае не пытался провоцировать русских несанкционированным продвижением вперед, но, с другой стороны, и разместил свои силы так, что при необходимости можно было бы оперативно выдвинуться в направлении на Прагу.
В Москве также знали о нажиме со стороны англичан на военное командование западных союзников. Лондонская резидентура сообщала, что если, в соответствии с британским планом, Прагу освободит не Красная Армия, а англо-американские войска, это может сильно отразиться на послевоенной политической ориентации Чехословакии. В связи с этим первого мая 1945 года Ставка Верховного Главнокомандования во главе со Сталиным приняла решение о проведении Пражской операции силами Первого Украинского фронта генерала И. С. Конева, который должен был в срок до третьего мая закончить ликвидацию немецкой 9-й армии, окруженной у Люкенвальде, вычистить от противника свой участок берлинского фронта и развернуться в южном направлении, в Чехию. На следующий день приказ к наступлению на Прагу получил и командующий Вторым Украинским фронтом А. И. Еременко, к чешской столице его войска должны были подойти по плану не позднее середины мая, а на их пути при этом находилась все еще полностью боеспособная большая часть немецкой группы армий «Центр» численностью около девятисот тысяч человек под командованием убежденного нациста фельдмаршала Шернера.
К началу мая 1945 года, в момент получения нового приказа, и Первый и Второй Украинские фронты находились еще на расстоянии более трехсот километров от чешской столицы, причем части Первого еще сражались в предместьях Берлина, а Второй с трудом преодолевал все еще сильную немецкую оборону на всем своем пути.