12 августа 1906 года эсеры добрались и до Столыпина. К нему на дачу на Аптекарском острове вошли трое террористов-самоубийц, одетых в мундиры жандармских офицеров. В это время премьер-министр вел прием посетителей, и на даче, кроме его домашних, было более 60 просителей. Однако это террористов не остановило – они заранее решили, что принесут в жертву и себя, и всех других, лишь бы погиб Столыпин. Каждый из террористов держал в руках портфель со снарядом весом в 16 фунтов (6 кг 400 г). Когда они вошли в приемную, у одного из них съехала набок накладная фальшивая борода, и заметившие это охранники тут же бросились к нему и стали вырывать портфель. И тогда все трое с криками: «Да здравствует свобода! Да здравствует анархия!» враз бросили портфели перед собой. Произошедший взрыв превосходил все предыдущие, уступая, быть может, диверсии, учиненной Халтуриным в Зимнем дворце: рухнула стена дома, обвалился балкон, на котором были трехлетний сын Столыпина и четырнадцатилетняя дочь, покалеченные обломками камней. От покушавшихся не осталось ничего, но рядом с ними, в приемной, погибли 27 человек, 32 были ранены, 6 из них вскоре скончались. Сам Столыпин остался невредим.
На следующий день пятью выстрелами из револьвера на Петергофской платформе эсеркой З. В. Коноплянниковой был убит генерал А. Г. Мин, усмиритель Декабрьского вооруженного восстания на Красной Пресне и Казанской железной дороге.
Николай очень тяжело пережил смерть Мина. На следующий день он поехал к нему на дачу, отстоял там панихиду, а потом был и на его похоронах.
Затем Николай принял Столыпина и, выразив ему свое сочувствие, предложил переехать с семьей в Зимний дворец.
25 августа, по настоянию Столыпина, была опубликована программа реформ, развивавшая положения Манифеста 17 октября, и одновременно – Закон о военно-полевых судах – офицерских судах, в ведение которых поступали только совершенно очевидные дела об убийствах и вооруженных грабежах, когда преступники брались с поличным. Разбор дела не должен был занимать более двух суток, и приговор – только расстрел – производился немедленно.
Однако и это не остановило террор. Во второй половине 1906 года убийства совершались беспрерывно – убивали уже не за какую-то конкретную вину, а за должность. Случилось, что на адмирала Ф. В. Дубасова, заместившего на посту московского генерал-губернатора убитого Сергея Александровича, в 1906 году покушались дважды, но оба раза неудачно. В ответ на просьбу Дубасова помиловать покушавшегося Николай II ответил: «Полевой суд действует помимо вас и помимо меня; пусть он действует по всей строгости закона. С озверевшими людьми другого способа борьбы нет и быть не может. Вы меня знаете, я незлоблив: пишу вам, совершенно убежденный в правоте моего мнения. Это больно и тяжко, но верно, что, к горю и сраму нашему, лишь казнь немногих предотвратит моря крови и уже предотвратила».
Революция захлебнулась в крови как жертв, так и палачей, ибо трудно было провести между ними какую-либо грань: вчерашние жертвы становились палачами, а палачи – жертвами. Борьба стала казаться бесперспективной и потому бессмысленной.
9 ноября 1906 года был издан Указ о раскрепощении крестьянской общины. Он предоставлял любому члену общины право свободного выхода из нее в любое время и открывал наиболее энергичным, предприимчивым и трудолюбивым крестьянам путь к созданию богатых и крепких хозяйств – основы их личного благосостояния. Для того чтобы большинство крестьян стали состоятельными хозяевами, превратившись в опору существующего в России строя, нужно было приложить немалые усилия.
На пути к разрешению поставленной задачи были проведены выборы во 2-ю Государственную думу. Избирательная кампания началась одновременно с выходом Указа от 9 ноября 1906 года и продолжалась до февраля 1907 года. 20 февраля новая Дума начала свою работу. Открылась она без помпезности, буднично и тихо. Состав ее был очень пестрым, но главное отличие от 1-й Думы состояло в том, что основную массу составляли полуграмотные крестьяне и полуинтеллигенты. Граф В. А. Бобринский – депутат Думы, деятель земского движения, крупный помещик и умеренный либерал – назвал ее «Думой народного невежества», и все же Столыпин – по общему признанию лучший оратор во 2-й Думе – сумел увлечь ее на путь поддержки правительственного курса.
Выступая 10 мая 1907 года, Столыпин сказал: «Пробыв около 10 лет у дела земельного устройства, я пришел к глубокому убеждению, что в деле этом нужен упорный труд, нужна продолжительная черная работа. Разрешить этого вопроса нельзя, его надо разрешать. В западных государствах на это потребовались десятилетия. Мы предлагаем вам скромный, но верный путь. Противникам государственности хотелось бы избрать путь радикализма, путь освобождения от культурных традиций. Им нужны великие потрясения, нам нужна Великая Россия».