С 1997 года финансирование опять начало снижаться – основные средства пошли на Международную космическую станцию, а Россия, испытывавшая перманентные экономические трудности, не могла поддерживать две программы орбитальных станций одновременно. Идея «отбивать» часть затрат за счет космических туристов тоже не выглядела слишком привлекательной, ведь оборудование на «Мире» начало приходить в негодность, случались пожары и даже столкновения при стыковках. Экспедиции посещения превращались в череду приключений, каждое из которых может послужить основой для захватывающего романа. Но одно дело читать роман о приключениях, другое дело – в них участвовать: нормальной работе они только мешают. При этом орбита тяжелого комплекса быстро и опасно снижалась: в начале 2001 года она составляла 290 км, к середине марта – 220 км. Коррекцию орбиты мог осуществить только транспортный корабль-заправщик «Прогресс М1», однако такая однократная операция в ценах тех лет стоила 10 млн долларов и могла поднять высоту комплекса всего лишь на 56 км, которые торможение «сожрало» бы за полтора месяца. Чтобы вернуть «Мир» на стабильную орбиту выше 400 км, требовалось в течение трех месяцев запустить как минимум четыре «Прогресса», но поскольку цикл изготовления корабля-заправщика и ракеты-носителя к нему занимает 22 месяца (почти два года!), то у России (что бы там ни говорили патриоты отечественной космонавтики) в принципе не было возможности сохранить комплекс для дальнейшей эксплуатации. А вот угроза падения несгоревших модулей на крупный город неизмеримо возросла. Участь «Мира» была предрешена, и 23 марта 2001 года он был затоплен.
В то же время вовсю разворачивалось строительство Международной космической станции, призванной объединить заделы по советскому комплексу «Мир-2», американской станции «Фридом», европейской программе «Колумбус» (“Columbus”) и японскому проекту “JEM” (“Japanese Experiment Module”). Первым модулем МКС стал российский функционально-грузовой блок «Заря» массой 20 т, выведенный на орбиту 20 ноября 1998 года. Через две недели корабль «Индевор» доставил к нему узловой модуль «Юнити» (“Unity”
Понятно, что возможности системы «Спейс Шаттл» в качестве средства обеспечения орбитальных станций намного выше, чем у российских «Союзов» даже в их новейшей модификации «Союз ТМА-М». За один рейс шаттл доставлял готовый модуль, припасы на будущее и экипаж из семи человек. Посему программа МКС развивалась гораздо быстрее, чем любая из советских программ. В июле 2000 года к станции пристыковался российский модуль «Звезда». В феврале 2001 года корабль «Атлантис» доставил американский лабораторный модуль «Дестини» (“Destiny”
В феврале 2003 года погибла «Колумбия», и полеты шаттлов к МКС прекратились на два с лишним года – вся тяжесть обеспечения МКС легла на российские «Союзы» и «Прогрессы». Несмотря на очевидные затруднения, президент Джордж Буш-младший в свои выступлении 14 января 2004 года в штаб-квартире НАСА заверил всех заинтересованных лиц, что станция будет достроена до 2010 года, поэтому полеты оставшихся шаттлов придется возобновить. В той же речи он пообещал, что к 2010 году будет разработан и испытан новый пилотируемый космический корабль, который не только обеспечит снабжение МКС, но и полеты на Луну – первую высадку президент наметил на 2014 год.
Хотя обещания остались на словах, Международная космическая станция была достроена. В июле 2005 года шаттл «Дискавери» прилетел к МКС впервые после гибели «Колумбии». Полеты продолжались до июля 2011 года – последним шаттлом, побывавшим на орбите, стал «Атлантис» (миссия STS-135). За эти шесть лет станция заметно выросла, в состав добавились: американский соединительный модуль «Гармония» (“Harmony”, Node-2), европейский лабораторный модуль «Колумбус» (“Columbus”), канадский робот-манипулятор «Декстр» (“Special Purpose Dexterous Manipulator”), японская исследовательская лаборатория «Кибо» («Надежда»), два российских малых исследовательских модуля «Рассвет» (МИМ-1) и «Поиск» (МИМ-2), американский жилой модуль «Транквилити» (“Tranquility”