Тайваньский кризис был вызван крушением у берегов Тайваня корабля с несколькими чиновниками из Рюкю в 1871 году. Чиновники были убиты тайваньскими аборигенами, и японские экспансионисты ухватились за этот инцидент как за предлог для захвата Тайваня. Если правительство Цин не может держать под контролем горячие головы на Тайване, этом острове, то у него нет прав претендовать на владение островом. Эта опасная ситуация осложнялась тем, что Токио лишь недавно открыто объявил о своем контроле над Рюкю, и Китай не признал претензий Японии. Токийское правительство, объяснял Сандзё Ивакура, планирует направить в Китай для ведения переговоров министра иностранных дел Соэдзима Танэоми, но вооруженный конфликт между Китаем и Японией казался неизбежным.
Корейский кризис был таким же запутанным, но Сандзё считал его менее взрывоопасным. Корейская династия Ли, строго придерживаясь китайского дипломатического протокола, отказалась признать императора Мэйдзи, поскольку корейский король признавал только одного императора — китайского суверена. Вместо этого корейский двор настаивал на сохранении дипломатического протокола конца эпохи Токугава, когда сёгунат общался с корейским двором через представителей японского княжества Цусима. Отказ Кореи признать императорское правительство был расценен как серьезное оскорбление и вызвал разговоры о военном ответе. Поддержка военной экспедиции была особенно сильной среди самураев и в пределах бывшего княжества Сацума.
Сандзё, в последних строках своего письма Окубо, признается в том, что он чувствует себя совершенно измотанным и просит Ивакура вернуться в Японию как можно быстрее. 19 января 1873 года правительство издало по этому поводу приказ, предписывающий миссии вернуться. Однако кризис Сандзё не был национальным кризисом, и приказ был отправлен письмом, а не по телеграфу, которое нашло миссию в Берлине двумя месяцами позже. Но к этому времени миссия уже была разделена, как и временное правительство. Проблемы начались вскоре после прибытия миссии в Вашингтон, когда Ито Хиробуми и Мори Аринори, японский консул в Вашингтоне, убедили Окубо в том, что пришло время для пересмотра договоров. Не желая упускать такую возможность, Окубо вернулся в Токио, чтобы получить дипломатическое полномочие. Однако временное правительство настояло на сохранении первоначального соглашения, по которому миссия могла вести только предварительные переговоры. 6/1872 Окубо вернулся в Вашингтон с пустыми руками, заставив Кидо испытать гнев и разочарование. Было ошибкой, написал он в своем дневнике, пытаться изменить цель миссии и пересмотреть договоры, находясь в Вашингтоне. Соединенные Штаты, осознал он теперь, не были готовы идти на уступку в каком-либо важном вопросе, и, подняв уровень переговоров, посольство только унизило Японию. «Я бесконечно сожалею, — написал он 17/6/1872, — о том, что, прибыв сюда в спешке, мы довели ситуацию до такого состояния». Все наши усилия, горевал он, «оказались напрасными».
Разочарованные, раздраженные и сердитые друг на друга, члены миссии не могли прийти к согласию о том, как им интерпретировать приказ токийского правительства. После нескольких дней дебатов члены миссии пришли к тому, что им нужно вернуться раздельно. Окубо решил выехать немедленно и прибыл в Японию 26 мая. Кидо продолжил миссию, посетив Россию, Италию, Австрию и Швейцарию, прежде чем направиться домой, и вернулся в Токио 23 июля. Ивакура появился в Японии только 13 сентября, после увеселительного круиза, который включал остановки в Шри-Ланке, Сайгоне, Гонконге и Шанхае.
Вернувшись в Токио, Окубо обнаружил, что он потерял контроль над правительством, которое помогал создавать. Борьба между Это и Иноуэ закончилась, но Это одержал победу в последнем раунде. 19 апреля Это, Оки и Гото Сёдзиро были назначены императорскими советниками