Развивая в себе вкус к древней китайской литературе, Сайго в то же время старался выйти за рамки традиционного понимания конфуцианской классики. Академия Дзосикан следовала традиционной интерпретации конфуцианской канонической литературы, известной как учение Чжу Си. Сунский ученый Чжу Си (1130–1200) создал широкомасштабный синтез этики и натурфилософии. Он утверждал, что не существует различий между законами, управляющими природными феноменами, и нормативными или дескриптивными принципами человеческого общества. Все на свете управляется единым набором основных, универсальных принципов. Поскольку между этикой и натурфилософией не существует различий, изучение физического мира имеет большое значение для развития этики. И наоборот, медитация и развитие этики приводят к лучшему пониманию физического мира. Поэтому Чжу Си выступал за разностороннюю программу обучения, включающую чтение, тихое созерцание, физические упражнения, каллиграфию, арифметику и эмпирические наблюдения. Синтез Чжу Си можно рассматривать как конфуцианский ответ на буддизм и даосизм. Идея полного единения человека и природы была навеяна даосизмом, в то время как тихое созерцание представляло собой интерпретацию буддистской медитации. Внедрив эти идеи в практику, Чжу Си превратил конфуцианство из политической и этической философии в завершенную религиозную и метафизическую систему.
Влияние Чжу Си на восточноазиатскую школу философской мысли трудно переоценить. Он помог окончательно определить новый канон конфуцианской классической литературы, и для многих его комментарии к ней стали такими же важными, как и оригинальные тексты. К концу восемнадцатого века учение Чжу Си доминировало в Японии в большинстве государственных учебных заведений. Правила академии Дзосикан запрещали обсуждение других доктрин без особого разрешения. Это было отражением общей тенденции в японской культурной жизни: в 1790 году сёгунат запретил изучение других интерпретаций конфуцианства в своей частной академии Сёхэйко.
Сайго прочитал и изучил самый известный труд Чжу Си «Главные устои всеобщего зерцала» и был хорошо знаком с основами его учения. Но, как и многие другие японцы девятнадцатого века, он чувствовал, что Чжу Си предлагал, в лучшем случае, неполный подход к научному познанию. Во времена Сайго учение Чжу Си стало ассоциироваться скорее с узким догматизмом, чем с эффективным политическим действием. В этой связи Сайго заинтересовался учением Ван Ян-мина (1472–1528), лидера философской «школы Оёмэй», отвергавшей объективный идеализм Чжу Си.
Хотя Ван Ян-мин и Чжу Си основывались на одних и тех же классических текстах, философия последнего делала упор на интуиции, опыте и действии. Хотя Ван Ян-мин не отрицал важность образованности, он верил в то, что ощущение добра и зла является врожденным у всех людей. Таким образом, задача состоит в том, чтобы получить доступ к этому врожденному знанию. В то время как Чжу Си уделял главное внимание учености и самовыражению, откуда и его девиз «исследование вещей», Ван Ян-мин считал наиболее важным интуитивное познание и восприятие морального компаса, заложенного в каждом человеке априори. Ван Ян-мин также подвергал критике дуалистический подход Чжу Си к познанию и действию. Цель понимания добродетели, утверждал Ван Ян-мин, состоит в том, чтобы действовать в соответствии с ней, тем самым перебрасывая мост между познанием и действием. Действие, основанное на врожденном чувстве добра, является трансцендентным: «Только когда я полюблю своего отца, отца других и отцов всех людей, мое человеколюбие в действительности образует единое целое с моим отцом, отцом других и отцом всех людей… Тогда чистая добродетель сыновней почтительности проявит себя в полной мере».
Большая часть споров между последователями школ Чжу Си и Ван Ян-мина возникала из-за тонких метафизических вопросов. Но то, что учение Ван Ян-мина отдавало предпочтение действию, а не чистому познанию, имело большое значение для практической политики. В Японии самые значительные политические волнения начала девятнадцатого века были инспирированы последователями Ван Ян-мина: в 1837 году Осио Хэйхатиро, бывший начальник полиции города