Почувствовав приближающийся кризис, Сайго 17/5 покинул Эдо, чтобы увидеться с Нариакира в Кагосима. Прибыв туда 7/6, он безотлагательно встретился с Нариакира, чтобы проинформировать его о радикальных изменениях, произошедших в Эдо и Киото. Нариакира был разгневан действиями Ии и, согласно легенде, даже подумывал о том, чтобы отправить в Киото войска для «защиты» императорского двора от сёгуната. 18/6 Сайго покинул Кагосима с письмом для Сунгаку и инструкциями заручиться поддержкой самых влиятельных даймё. Сайго прибыл в Киото 10/7 и начал встречаться с друзьями и знакомыми, чтобы оценить политическую ситуацию. Но даже со времени его встречи с Нариакира в предыдущем месяце в ситуации произошли радикальные изменения, и прежде чем Сайго начал действовать, дс? него дошла убийственная новость: его господин умер.
Нариакира внезапно заболел 9/7/1858. К 11/7 он уже был прикован к постели, мучаясь от лихорадки, озноба и диареи. Вечером 15/7 Нариакира почувствовал, что умирает, и назначил последнюю встречу со старейшинами княжества. Той же ночью его состояние ухудшилось, и 16/7, в 3.00, он срочно вызвал к себе хранителя средств, ассигнованных на личные расходы, Ямада Сёэмона. Обездвиженный и изможденный, Нариакира называл имена наследников. Нариакира понимал, что его единственный выживший сын, двухлетний Тэцума-ру, слишком юн, чтобы наследовать титул. Поэтому он уполномочил своего отца, удалившегося на покой дайме Нариоки, выбрать одного из двух возможных наследников: либо своего единокровного брата Хисамицу, либо сына Хисамйцу, Тадаёси. Нариакира просил только о том, чтобы новый даймё пообещал усыновить Тэ-цумару и жениться на его дочери, восьмилетней Тэру-химэ. Тем самым он надеялся обеспечить политическую стабильность и в то же время оставить для Тэцумару возможность наследовать титул в будущем. Сформулировав свой план наследования, Нариакира рано утром скончался.
Внезапная смерть Нариакира потрясла всю страну, и многие решили, что его отравили. Даже Помпе ван Меердерворт, врач, находившийся вместе с голландским флотом в Нагасаки, заподозрил заговор. Нариакира, писал он, был, «возможно, самым важным человеком в стране; в силу своего влияния на императора и его двор, а также в силу собственной образованности он считался главным сторонником реформ в Японии… и не исключено, что его отравили». Для Сайго смерть Нариакира стала эмоциональной и политической катастрофой. Нариакира извлек Сайго из безвестности, и его личная преданность Нариакира не знала границ. Сайго не раз заявлял, что он готов умереть за своего господина. Теперь, когда Нариакира был мертв, возможно, убит, Сайго почувствовал себя одиноким и бессильным. Вера Нариакира в Сайго сделала последнего важной фигурой в национальной политике. Он был, как заметил Нагаока Кэнмоцу, человеком, который «знал мысли своего господина обо всех государственных делах». Сайго пользовался всеобщим уважением за свою искренность и преданность, но его политический вес полностью зависел от тесной связи с Нариакира. Без Нариакира Сайго по-прежнему выделялся своими высокими моральными качествами, но политически был ничем не примечателен. Его будущее в Сацума выглядело достаточно мрачно. Сайго был на стороне Нариакира в его вражде с Хисамицу; строил заговоры против союзников Хисамицу и клялся отомстить его матери. Теперь ему предстояло служить Хисамицу или его сыну.
Согласно легенде, Сайго думал о том, чтобы вернуться в Сацума и совершить ритуальное самоубийство (