Эти реформы оказали огромное воздействие на княжество. К 1872 году Сацума ликвидировало основные недостатки традиционного правления. Княжество имело современные вооруженные силы вместо децентрализованной феодальной армии. Его гражданская администрация была открыта только для самураев, но отбор в нее основывался на способностях, а не на наследственных правах. Княжество упразднило независимую власть семей
Сайго одобрил реформы, но он стремился к военной деятельности. Весной 1869 года центральное правительство начало кампанию против последнего оплота военной оппозиции — самопровозглашенной «республики» Эномото Такэаки на Хоккайдо. Эномото, бывший морской офицер сёгуната, 8/1868 скрылся вместе с восемью боевыми кораблями и присоединился к северо-восточному союзу. После поражения коалиции северо-восточных княжеств он бежал дальше на север, на Хоккайдо, где оккупировал город Хакодатэ. 11/5/1869, после того как на севере страны закончилась весенняя распутица, правительство начало атаку на его силы. Сайго собрал войска и направился на север, чтобы принять участие в кампании. Но Эномото сдался уже на седьмой день, и Сайго прибыл после того, как война уже закончилась. Униженный и измотанный, он вернулся в Кагосима. Ожидавшие его там новости были совсем неплохими: 2/6/1869 центральное правительство назначило ему содержание 2000 коку, и это была самая щедрая в финансовом отношении награда за его службу императорскому двору. Однако ничто не могло развеять его горечи, вызванной тем, что он не успел принять участия в боевых действиях на Хоккайдо. Карьера Сайго, как солдата на службе у государства Мэйдзи, закончилась не так, как бы ему хотелось.
После возвращения в Кагосима Сайго сразу же направился на север, чтобы укрыться от жары и отдохнуть на горячих источниках в горах Миядзаки. Здесь он получил письмо от своего друга Кацура Хисатакэ, где тот сообщал ему о том, что собирается уйти в отставку из правительства княжества. Эта поразительная новость задела Сайго за живое, поскольку он сам испытывал двойственное отношение к своей общественной службе. Сайго упрекнул Кацура в вежливом, но достаточно откровенном письме от 8/7/1869. Сайго понимал, что Кацура болен, но он не считал, что данное обстоятельство может служить уважительной причиной для отставки. Сайго сам испытывал сильное недомогание: после пяти дней на водах у него поднялась температура и заболел живот. Затем у Сайго началась диарея, и его тело покрылось волдырями и сыпью. «Я испражняюсь двадцать четыре или двадцать пять раз в день, порою с кровью, но это совершенно не меняет мое настроение». Сайго настаивал на том, что пребывает в прекрасном расположении духа, поскольку эти симптомы всего лишь свидетельствуют о том, что горячие воды очищают его тело от всех болезней. Признавшись в том, что страдает от физической слабости, Сайго рассказал про свой глубокий внутренний конфликт и мучительную тоску по Нариакира:
«Однажды я был назван неверным вассалом и даже брошен в тюрьму, однако я проявил бы крайнее неуважение к своему покойному господину [Нариакира], если бы позволил себе там сгнить. Я думал, что если у меня появится шанс принять участие в великих делах государства и очистить себя от всех обвинений в неверности, то я скромно доложу об этом Нариакира в ином мире, закрою рот и больше не произнесу ни слова. Это была моя единственная забота, и с одной этой мыслью я служу своему господину Хисамицу. Однако нет никаких причин полагать, что господин и вассал будут испытывать одинаковые чувства любви и долга