Ёсии и компания имели приказ сразу вернуться в Ямагава, но Сайго настоял на том, чтобы они сделали остановку на Амамиосима. 23/2/1864, около полудня, пароход вошел в залив Касари на Амамиосима и бросил якорь возле Тацуго. Сайго сошел на берег и отправился к своей семье, которую он не видел два года. Он провел на острове четыре дня, посещая друзей и восстанавливая семейные узы с женой и детьми. Кикудзиро уже исполнилось четыре, и Сайго теперь мог играть с мальчиком, а не с малышом. Его дочь, Кикусо, тоже подросла. Как всегда, Сайго был крайне сдержан в отношении своих чувств, но он поделился ими с Цутимоти: ему было так приятно увидеть жену и детей, что «мне казалось, будто бы я восстал из мертвых». Сайго также отметил что Айгана, которую он называл своей «любовницей», тоже радовалась их встрече. Но, несмотря на свое приподнятое настроение, Саго оставался человеком долга. Он прибыл на Амамиосима с визитом, но цель его жизни заключалась в том, чтобы служить своему господину. Утром 26/2 он покинул Тацуго во второй, и в последний, раз. Его дети, в конечном итоге, были перевезены в Кагосима, но он больше никогда не видел Айгану.
По пути в Кагосима Сайго и его компаньоны сделали еще одну остановку, чтобы забрать Мурата Синпати с соседнего острова Кикайгасима. Хисамицу отправил Мурата в ссылку вместе с Сайго в 1862 году. Спасательная партия, направленная за Сайго, не получила никаких инструкций относительно Мурата, но, согласно легенде, Сайго не хотел оставлять в ссылке своего преданного друга. 28/2 «Котомару» прибыл в Кагосима. Сайго встретил паланкин, который без промедления доставил его в собственную резиденцию в Уэносоно. На следующий день он посетил могилу Нариакира и засвидетельствовал ему свое почтение. Неделей позже он и Мурата отплыли в Киото на корабле «Анкомару» и прибыли туда 14/3. 18/3 у Сайго состоялась аудиенция с Хисамицу, который официально вернул ему прежнее жалованье и назначил его командующим войсками Сацума в Киото. Менее чем за месяц Сайго преодолел более двенадцати сотен миль. Он был возвращен из ссылки и опалы, вдобавок получив один из самых влиятельных постов в правительстве княжества. От всех этих событий Сайго почувствовал себя дезориентированным, но постепенно он начал понимать, что стало причиной его прощения и повышения. Национальная политика совершила резкий поворот, и княжеству Сацума срочно потребовался новый голос в императорской столице.
Когда 14/3/1864 Сайго прибыл в Киото, его сразу же поразила деградация политической сцены. Ситуация, писал он 4/1864, была гнетущей. Императорский двор не проводил последовательной политики, а просто реагировал на повседневные события. Главные дайме ссорились между собой, постепенно превращаясь в марионеток сёгуната. Хитоцубаси Кэйки нельзя было верить; он казался опасно честолюбивым. Создавалось впечатление, писал Сайго, что «здесь больше нечего делать, кроме как ждать неприятностей». Это был не тот исход, которого многие ожидали двумя годами ранее, когда Сайго был отправлен в ссылку. Тогда говорили о наступлении новой эпохи правительства национального единства. Визит Хисамицу в 1862 году в Киото и Эдо заметно изменил политический ландшафт. Хисамицу потребовал создания новой структуры разделения функций власти, получившей название
Вместо того чтобы принять на себя полную ответственность за подписание непопулярных договоров, сёгунат решил поделиться властью, надеясь таким образом поделить и ответственность. В ответ на требования Хисамицу сёгун согласился посетить Киото и подтвердил приоритет воли императора над решениями сёгуната. 8/1862 сёгунат назначил Хитоцубаси Кэйки, проигравшего в 1858 году спор из-за наследования титула сёгуна, опекуном молодого и слабого сёгуна Иэмоти. Мацу-дайра Сингаку, который с 1858 года находился под номинальным домашним арестом, был назначен политическим директором сёгуната