Во второй половине апреля 1703 года 16-тысячный корпус под командованием Бориса Шереметева вышел к Неве и осадил шведскую крепость Ниеншанц, стоявшую на мысу в месте впадения Охты в Неву. Через неделю начался штурм, и после 10-часовой массированной бомбардировки комендант Якоб Аполлов счёл за благо сдать фортецию, гарнизон которой состоял всего из 800 человек и 49 пушек. Произошло это 1 мая.
Других укреплений и войск у шведов поблизости не было, но не приходилось сомневаться, что очень скоро они обязательно попытаются вернуть себе и крепость, и прилегающий к ней городок Ниен. Устье Невы, открывающее путь в Балтийское море, имело важное стратегическое значение.
Как свидетельствует «Журнал, или Подённая записка Блаженныя и вечнодостойныя памяти государя императора Петра Великаго» — документ, составлявшийся кабинет-секретарём царя Алексеем Макаровым и редактируемый лично Петром, — «по взятии Канец (Ниеншанца. —
Уже в ночь на 31 августа 1703 года неожиданно взбурлившая Нева поднялась и смыла едва начатую постройку вместе с заготовленными материалами. Судя по сохранившемуся в архивах письму, которое австрийский посланник в России вскоре направил своему правительству, при этом первом петербургском наводнении погибли две тысячи русских [11. С. 608]. Но Петра подобные «мелочи» никогда не пугали. Сразу после отступления стихии возведение Петропавловской крепости было продолжено с тем же упорством и размахом.
Секретарь прусского посольства в России И. Фоккеродт свидетельствовал, что первым идею о возведении в невском устье крепости с гарнизоном и складами подал генерал-адмирал и великий канцлер Фёдор Головин.
Впервые топоры застучали на Заячьем острове 16 мая (27-го по н. ст.) 1703 года. Этот день и принято считать днём рождения северной столицы.
По официальной историографии и многочисленным легендам, в том числе явно верноподданническим, долгое время считалось, что Пётр лично не только участвовал, но и руководил закладкой нового города. Такой версии долгое время придерживались многие серьёзные исследователи. Например, Михаил Пыляев, утверждавший, будто «государь положил первый камень постройке» [34. С. 10]. Что уж говорить об официальной историографии. Вот как повествовал о том знаменательном дне В. Авсеенко в панегирическом очерке истории Санкт-Петербурга, созданном накануне 200-летия города и переизданном в 1993 году в качестве «чтения для юношества»: «16 мая, в день сошествия Святого Духа…отслужена была литургия, после чего Пётр с большой свитой. присутствовал при освящении избранного места и вслед затем, с заступом в руках, подал знак к началу землекопных работ. Когда первый ров достиг уже двух аршин глубины, в него опустили высеченный из камня ящик, в который Пётр поставил золотой ковчег с частицей мощей Апостола Андрея и, закрыв ящик каменной же плитой, убрал его собственноручно вырезанными кусками дёрна» [2. С. 18].