Находки подтвердили не только факт существования города, но и его историю, описанную в различных кодексах. Наиболее подробный рассказ содержится в кодексе, получившем название «Анналы Куаухтитлан».
Теперь нам известно, что в Толлане правила династия жрецов-царей, утверждавших, что они являются потомками бога Кетцалькоатля, и поэтому к собственному имени присоединявших родовое имя бога — традиция, широко распространенная у египетских фараонов. Одни из этих жрецов-царей были воинами, стремившимися расширить границы владений толтеков, другие больше внимания уделяли религии, Во второй половине десятого века нашей эры правителем был Се Акатль Топилицин-Кетцалькоатль; имя вождя и точная дата правления известны потому, что в нависавших над городом скалах сохранился его высеченный из камня портрет, рядом с которым была указана дата, соответствующая 968 году нашей эры.
Именно в его царствование среди толтеков вспыхнул конфликт на религиозной почве. По всей видимости, причиной его послужило требование части жрецов ввести человеческие жертвы, чтобы умилостивить бога войны. В 987 году Топилицин-Кетцалькоатль и его сторонники покинули Толлан и двинулись на восток, повторив легендарный путь божественного Кетцалькоатля. Изгнанники обосновались на полуострове Юкатан.
Два столетия спустя природные катастрофы и нападения других племен заставили толтеков признать свое поражение. Бедствия были восприняты как знак гнева богов, предвещавший гибель города. По свидетельству испанского хроникера Сахагуна, последний правитель, которого звали Уэмак, но который также носил родовое имя Кетцалькоатль, убедил толтеков, что Толлан должен быть оставлен. Он писал, что по приказу правителя жители покинули город своих предков, оставив дома и имущество. Не имея возможности унести все с собой, они закопали множество ценных вещей, которые иногда находят и сейчас и которые поражают своей красотой и изяществом.
Таким образом, в 1168 году нашей эры Толлан опустел и стал постепенно разрушаться. Говорят, когда первый вождь ацтеков увидел руины города, он горько заплакал. Разрушительным силам природы помогли мародеры и грабители, которые оскверняли храмы, сбрасывали памятники с постаментов и разбивали все, что еще сохранилось. Город Толлан, который забыли и сравняли с землей, превратился в легенду.
То, что нам стало известно о Толлане восемь столетий спустя, полностью соответствует его названию, которое переводится как «место множества соседей» — по всей видимости, он состоял из многочисленных районов и округов, занимавших площадь около семи квадратных миль. Как и в Теотиуакане (который проектировщики города пытались скопировать), центром Толлана была священная территория, вытянувшаяся на целую милю вдоль оси север-юг; по обе стороны от оси располагались группы храмов, ориентированных вдоль оси восток-запад, перпендикулярно основной оси. Как уже отмечалось выше, оси культового комплекса были повернуты относительно сторон света точно так же, как и в Теотиуакане, хотя с учетом географического положения и времени строительства Толлана это уже не имело смысла.
На предполагаемой северной границе храмового комплекса были обнаружены руины необычного сооружения. Спереди это была стандартная ступенчатая пирамида с лестницей, но тыльная сторона здания была построена в форме полукруга, а на его вершине, вероятно, располагалась башенка. Это здание вполне могло служить обсерваторией. Вполне возможно, что именно оно послужило образцом для ацтекского храма Кетцалькоатля в Теночтитлане и для других круглых обсерваторий-пирамид на территории Мексики.
Основной культовый комплекс протянулся примерно на милю к югу от этого сооружения, и все постройки в нем группировались вокруг большой площади, в центре которой стоял большой алтарь. Главный храм располагался на вершине пятиступенчатой пирамиды с восточной стороны площади. Меньшая по размерам пятиступенчатая пирамида на севере служила приподнятым основанием для другого храма; по бокам этого храма располагались здания с множеством комнат, в которых сохранились следы огня и которые могли использоваться для какого-то производства. Вытянутые здания, или галереи, крыши которых опирались на ряды колонн, соединяли две пирамиды и обрамляли площадь с южной стороны. С западной стороны площади располагалась площадка для священной игры в мяч из сырого каучука,