Во время своей отшельнической жизни старец претерпел немало искушений, но не ослабел в мужестве. Однажды грабители, встретив преподобного в лесу, стали требовать от него денег, которые будто бы приносят ему миряне. Преподобный ответил, что денег ни от кого не получает, но грабители не поверили и набросились на старца. Говорили, что Серафим обладал недюжинной физической силой, к тому же, с топором в руках, он мог бы защищаться, но старец опустил топор, сложил крестом на груди руки и сказал: «Делайте, что вам надобно». Грабители избили старца, связали и бросились в келью, но нашли там лишь икону и несколько картофелин. Поняв, что они напали на святого человека, злодеи в страхе убежали. Серафим же, очнувшись, выпутался из веревок, помолился о прощении грабителей и к утру добрался до обители. Восемь суток он пролежал в очень тяжелом состоянии. Врачи, которых пригласили монахи, нашли, что голова проломлена, ребра перебиты, по телу смертельные раны, и удивлялись, как старец остался жив после таких побоев.
И снова преподобному Серафиму было дивное видение: Пресвятая Богородица во славе, с апостолами Петром и Иоанном Богословом, явилась к его одру и произнесла в ту сторону, где находились врачи: «Что вы трудитесь?», а старцу сказала: «Сей от рода моего!» После этого видения преподобный отклонил лечение и предоставил свою жизнь Богу и Пресвятой Богородице. И в скором времени старец уже мог вставать с постели, чувствуя себя гораздо лучше. Пять месяцев он провел в обители, пока полностью не оправился от болезни, а затем снова возвратился в пустыню.
Много раз преподобный Серафим был искушаем и духом честолюбия – его неоднократно избирали в игумены и архимандриты разных монастырей, но он всегда твердо отклонял эти назначения, стремясь только к истинному подвижничеству.
Многие, слыша удивительные истории о жизни преподобного отца Серафима, приходили к нему за советом и наставлениями. Прозорливый старец видел, кто пришел к нему из любопытства, а кто по настоящему зову сердца, и тем, кто имел до него действительную духовную нужду, охотно помогал советами, наставлениями и духовными беседами.
Рассказывали, что даже дикие звери не нападали на преподобного Серафима, и многие, посещавшие старца в дальней пустыни, видели возле святого огромного медведя, которого он кормил из рук.
Три года преподобный Серафим провел в совершенном молчании; 1000 дней и 1000 ночей простоял он на камне, сходя с него только для принятия пищи. Все это время он, воздев руки к небу, молился Господу словами мытаря: «Боже, милостив буди мне, грешному!» Проходя трудный путь подвигов, отец Серафим изнемог, особенно страдали при этом ноги. И не будучи в силах приходить в монастырь в праздничные дни, для принятия Святых Тайн, преподобный в 1810 году, после шестнадцатилетнего пребывания в своей отшельнической келье, возвратился в монастырь, где принял новый подвиг – затворничества и молчания.
В затворе старец провел 17 лет. Первые 5 лет он никуда не выходил, и никто не видел преподобного, даже монах, приносивший ему скудную пищу. Затем старец открыл дверь своей кельи, и любой мог прийти к нему. В келье не было ничего, кроме иконы Богоматери с лампадой перед ней и обрубка пня, служившего старцу стулом. В сенях стоял дубовый гроб, и старец молился рядом с ним, постоянно готовясь к переходу от временной жизни к вечной.
Через 10 лет безмолвного затворничества преподобный Серафим прервал обед молчания, чтобы служить миру ниспосланными от Бога дарованиями учительства, прозорливства, чудес и исцелений, своим духовным руководством, молитвою, утешением и советами. Двери кельи старца стали открыты для всех – от ранней литургии до восьми часов вечера. Среди многочисленных посетителей святого Серафима были и простые люди, и знатные лица, и государственные деятели, и лица царской фамилии – никому преподобный не отказывал в своем совете и всех принимал с равной любовью.
В 1825 году преподобный Серафим совсем оставил свой затвор, так как ему снова было видение Божьей Матери. Она явилась старцу со святителями Климентом Римским и Петром Александрийским и разрешила выйти из затвора и посещать пустынь.
Деятельность старца не ограничивалось Саровской пустынью. Очень значимую роль преподобный сыграл в развитии местного женского иночества.
За год и десять месяцев до смерти преподобному Серафиму было двенадцатое в его жизни явление Богоматери, которое стало предзнаменованием его блаженной кончины и ожидающей его нетленной славы.
Первого января 1833 года преподобный Серафим в последний раз пришел в церковь, ко всем иконам поставил свечи и приложился, потом причастился Святых Тайн. По окончании литургии старец благословил братию и простился, сказав: «Спасайтесь, не унывайте, бодрствуйте, днесь нам венцы готовятся». И хотя телесные его силы были истощены, духом святой был бодр, спокоен и радостен. Вечером он пел в своей келье пасхальные песни.