В семье Лагидов никогда не существовало четко установленного принципа наследования. Опирались на две различные традиции: первая предусматривала передачу власти по старому македонскому династическому принципу, вторая — по наследованию священного сана фараонов. Птолемеи могли претендовать на престол как в первом, так и во втором случае. В принципе, власть наследовал первый ребенок в семье, однако четкого правила, исключающего младших сыновей и дочерей, не было. Примером тому служит решение Птолемея I, взявшего в соправители сына своей последней жены, обойдя, тем самым, своего старшего сына от предыдущего брака, Птолемея Керауноса. Первые трое наследников Птолемея не сталкивались с подобной проблемой, оставляя каждый раз одного единственного законного наследника. После 180 года потомство Птолемея V Эпифана разрослось, что неминуемо повлекло за собой династические кризисы: после двенадцати лет правления Птолемей VI Филометор не захотел разделять трон со своим младшим братом. Их совместное царствование зашло в такой тупик, что необходимо было вмешательство Рима: Египет и Кипр отдали старшему брату, а Киренаику младшему. Последний не был удовлетворен таким решением и долго плел интриги, чтобы присоединить Кипр к своему царству. И только случай помог разрешить ситуацию: смерть Птолемея VI позволила ему унаследовать все земли. Следующее поколение столкнулось с подобной же ситуацией: Птолемей Александр претендовал на территории своего брата. Птолемей XII, будучи внебрачным ребенком, мог претендовать на трон только в случае смерти своей кровной сестры Береники III, последней законной представительницы рода Лагидов. После своей смерти Птолемей XII оставил четырех детей: двух сыновей и двух старших дочерей, чьи династические распри стали последним кризисом правления Лагидов.
Характерной чертой птолемеевской династии является постоянно возрастающее значение женщины на троне, достигшее своей кульминации во времена последней Клеопатры. В течение первых трех царствований браки совершались на основе выгодного договора, который правители заключали с враждующей династией. Так, Птолемей II женился на Арсиное I, дочери Лисимаха, царя Фракии и союзника Лагидов против их соперников Антигонидов и Селевкидов. Таким же образом Птолемей III женился на своей кузине Беренике II, дочери Магаса, что позволило ему объединить Киренаику со своими собственными владениями. Также были выданы замуж за иностранных царей принцессы: Арсиноя II, дочь Птолемея I, — за Лисимаха, и Береника, дочь Птолемея II, — за Антиоха II. В первое время правления династии единственным исключением, имевшим впоследствии огромное значение, явился брак Птолемея II (который вынужден был с этой целью развестись с Арсиноей I) со своей собственной сестрой Арсиноей II, ставшей в 276 году вдовой Лисимаха. Этот инцестиальный союз, который полностью противоречил всем греческим законам, спровоцировал бурю волнений среди местного населения. Но, вместо того чтобы замять скандал, царь воспользовался им в собственных целях, развивая культ божественной царской семьи, которая не могла быть подчинена общечеловеческим правилам и законам. Арсиноя стала еще при жизни богиней Филадельфой («Та, которая любит своего брата»), и ее культ распространился во всех египетских храмах, встав в один ряд с местными богами.