Однако он с большим трудом вытеснил старую столицу эпохи нового царства, которую египтяне называли
Под таким неудержимым натиском, который Фивы{93} переживали во время правления Лагидов, город постепенно стал приходить в упадок. Уже лишенные статуса южной столицы из-за широкой деятельности Птолемаиды, которая все больше напоминала главный административный город, Фивы находились во власти постоянно вспыхивающих бунтов против правящей власти. Одна из самых серьезных репрессий обрушилась на город во время волнений, которые сопровождали падение Птолемея X Александра и восшествие на трон его старшего брата Птолемея IX Сотера в конце 88 года. Город был охвачен волнениями еще три года назад. Уже тогда Фивы претерпевали огромные убытки, однако не были окончательно разрушены, как это утверждал греческий историк Павсаний, поскольку многие документы свидетельствуют о некоторой активности храмов Карнака и Мединет Абу во время правления Авлета и Клеопатры. Во II веке Фивы и Гермонтис стали городами очень пристального надзора, ведущегося гарнизонами Патира и Крокодиополя на юге, в котором проживали солдаты из разных регионов страны. Образ их жизни более походил на египетский, нежели на греческий, однако они всегда были верны птолемеевской власти. Постепенно города ослабевали и некоторые из них них даже исчезли после событий 88 года. Такие полисы Южного нома, как Латонполь (Эсне), Аполлонополь (Эдфу), Омбос и Ассуан (последний с прилегающими островами Элефантиной и Филе) избежали этих превратностей, о чем свидетельствуют пышные храмы, возведенные в то время.
Большинство городов процветали во время правления династии Лагидов. Не представляя себе никакого другого государственного устройства, кроме городского, греки пытались осесть в областных центрах, чья роль постоянно росла за счет политики централизации в администрировании и экономическом управлении, проводимом царями. Однако эти города не могли обрести автономии, приближенной к статусу греческих полисов, которая была пожалована одной Птолемаиде. Увеличение греческих поселенцев привело к росту влияния иностранных институтов в традиционной египетской социально-политической жизни, главным образом это распространилось на гимнасии, в которых явственно ощущались элементы эллинистического образования. Египетский храм не был больше единственным городским центром, он стал испытывать жесткую конкуренцию со стороны светских учреждений, которые больше вписывались в концепцию нового образа жизни, как, например, публичные бани, появившиеся практически в каждой деревне начиная с III века.