Вернувшись во дворец, Генрих II приказал арестовать дю Бура и еще нескольких магистратов. Этот поступок короля мог привести к тяжелым последствиям, так как Парижский парламент по традиции считался хранителем национальных законов и обычаев. Его члены именовались «отцами отечества» и играли важную роль в управлении государством. Об этом говорит хотя бы тот факт, что в период пребывания короля Франциска I в Мадридской тюрьме, куда его заточили после битвы при Павии, во время которой он был захвачен в плен испанцами, Францией управляла мать короля, Луиза Савойская, и Парижский парламент. Однако Генрих II не пожелал считаться с мнением парламента, и договорился до того, что предложил восстановить во Франции Инквизицию. На что президент парламента Сегье возразил: такой поступок противоречил бы традициям французской галликанской церкви. И король не стал настаивать.
Но вскоре идея подавления движения реформатов вновь отошла на второй план. 30 июня 1559 года король, обожавший различные состязания, устроил рыцарский турнир, во время которого он получил смертельную рану в глаз. С тех пор вот уже несколько поколений летописцев и историков шутят, что этот удар изменил лицо истории Франции. 10 июля 1559 года Генрих II скончался.
Старший сын Генриха II, наследовавший трон согласно закону, был пятнадцатилетним подростком, абсолютно неопытным, хотя и совершеннолетним, ибо совершеннолетие для королей наступало в тринадцать лет. Женившись на шотландской принцессе Марии Стюарт, он доверил бразды правления своим дядям, герцогу Гизу и его брату кардиналу Лотарингскому, которые продолжили начатую Генрихом II политику преследований гугенотов.
5 декабря 1560 года, после полутора лет правления, Франциск II умер, и власть перешла к его брату Карлу IX, чей юный возраст потребовал установления регентства. Согласно традиции, в роли регента не обязательно должна была выступать королева-мать, эту обязанность вполне мог взять на себя первый принц крови. Конкурентом Екатерины Медичи, супруги Генриха II и матери Франциска II, Карла IX и Генриха III на пути к власти стал Антуан де Бурбон, король Наварры, отец будущего Генриха ГУ, глава дома Бурбонов и супруг Жанны д'Альбре, активно поддерживавшей протестантское движение. Борьба за власть между матерью нового монарха Карла IX и королем Наварры, потенциальным лидером будущей протестантской партии, участником процессии гугенотов, состоявшейся в 1558 году в Пре-о-Клер, вполне могла оказаться решающей для судеб королевства. Принимая во внимание сложившуюся ситуацию, сторонники Реформы рассчитывали, что, получив власть, принц крови Антуан де Бурбон объявит свободу вероисповедания и, быть может, даже добьется того, чтобы вся Франция приняла протестантизм.
Тем временем Екатерина Медичи предпринимала шаги для отстранения Бурбона от реальной власти. 21 декабря 1560 года королевский совет вынес решение о разделении властей на период регентства, ограничив тем самым сферу деятельности короля Наварры. И хотя на долю Бурбона выпало управление войсками, находящимися в подчинении губернаторов провинций и капитанов «на местах», королева сделала все, чтобы превратить эту должность в номинальную. Право принятия решений по всем военным вопросам в целом она оставила за собой; на деле это означало, что Екатерина Медичи располагала всей полнотой власти, в то время как Антуан де Бурбон мог лишь передавать донесения, касающиеся армии, королеве-матери.
Но торжество королевы было призрачным, ибо ей постоянно приходилось оглядываться на могущественные дворянские кланы, использовавшие любую возможность для демонстрации силы. У руля власти, опередив Бурбонов, встали Гизы, фактически правившие страной на протяжении полутора лет царствования Франциска II, и Монморанси, глава дома которых был коннетаблем Франции и первым лицом в королевстве при Генрихе II.
Активизация протестантского движения также нарушила традиционные схемы. До сих пор во Франции все жили в лоне единой религии, все привыкли к тому, что дворяне поддерживают короля, служат ему. Теперь же, перед угрозой религиозной смуты, когда часть элиты перешла на сторону Реформации, перед угрозой насилия, необходимо было найти нечто такое, что могло бы сплотить французов на новой основе. Екатерина Медичи, для которой образцом политика служил ее свекор Франциск I, была убеждена в необходимости реформ, способных вывести страну из тупика, куда завел ее Генрих II. Однако какие бы замыслы ни пыталась она реализовать, ей всегда мешало во-первых, то, что она была женщиной, а во-вторых, оставалась иностранкой, а все в стране считали, что король должен быть мужчиной, полководцем, воплощать в себе лучшие черны нации и быть защитником французов. Положение регентши также не давало ей никаких преимуществ, так как оно никогда не имело четкого юридического статуса. И многие юристы были уверены, что носитель звания регента не может иметь те же прерогативы, что и помазанный монарх, то есть монарх, признанный Господом.