13 мая, в пятницу, после полудня король, осознав свое поражение, покинул Лувр через последние не взятые парижанами под контроль ворота. В сопровождении придворных и четырех тысяч швейцарцев король отправился в Рамбуйе, где остановился у своего друга д'Анжена.
Король вовремя выехал из столицы. Когда королевский кортеж покидал город, двенадцать сотен человек под предводительством Бурсье, капитана улицы Сен-Дени, двинулись на Лувр с криками: «Идем в Лувр, отыщем там нашего сира Генриха!» Ратуша и Арсенал оказались в руках заговорщиков, Бастилия сдалась, и герцог де Гиз назначил ее комендантом лигиста Жана Леклерка, прокурора парламента. В Университетском квартале против Генриха III выступили четыре сотни монахов и семь сотен студентов; возглавил их Бриссак, знатный сеньор из Анжу и пламенный сторонник Гизов.
В воскресенье, 15 мая, был арестован купеческий прево (говоря современным языком, мэр Парижа). Герцог приказал избрать новый муниципалитет. Новым купеческим прево стал Лашапель-Марто, советник Счетной палаты. Богатый нотабль, успешно делавший карьеру, он слыл человеком умным, энергичным и не слишком щепетильным. Его считали прямым ставленником Гиза. Все четыре вновь назначенных эшевена были избраны из среды крупных столичных негоциантов.
Новый муниципалитет сделал символический жест: упразднил должность «королевского прокурора», поставив на его место «прокурора городского». Лигисты дали понять, что они не намерены мириться с вмешательством монарха во что бы то ни было, заявив, что «все городские сословия согласны с этим народным решением». В органах квартального управления чистка была более поверхностной. В планы мятежников входило восстановление муниципальных свобод в прежних формах, а значит, проведение традиционных выборов, и лигисты, опасаясь утратить доверие масс, не могли навязывать жителям кандидатуры из своей партии. Поэтому они с энтузиазмом принялись ликвидировать результаты непопулярного решения Генриха III, в 1585 году приказавшего выбирать судей из числа магистратов, в ущерб адвокатам и негоциантам. Король полагал, что чиновники, то есть государственные служащие, будут более гибкими и ему будет легче найти с ними общий язык.
В этой ситуации победа, одержанная на баррикадах, стала своеобразным сигналом к восстановлению традиций и городских вольностей, шедших вразрез с опасными новшествами суверена. Процент судейской мелкоты
Заботясь о подвозе продуктов в Париж, герцог приказал занять ближайшие к столице города, где были самые крупные рынки: Ланьи, Мелен, Шато-Тьери, Этамп, Корбей. Став хозяином города и части государственной казны, имея под рукой двух самых богатых людей Парижа, финансистов Замета и Гонди, обычно ссужавших в долг королю, герцог стал править, присвоив себе королевские прерогативы. Теперь он смотрел на испанцев свысока: он больше не нуждался в их субсидиях. Посол Мендоса сообщил Филиппу II, что у него уже нет рычагов воздействия на герцога. Для короля Испании это был полный провал: герцог Лиз более от него не зависел, а Непобедимая армада, созданная для завоевания Англии и свержения Елизаветы, в августе 1588 года потерпела сокрушительное поражение.
Королева Екатерина Медичи принялась искать пути примирения своего сына Генриха III с герцогом Гизом и преуспела в этом. В начале августа король устроил герцогу пышный прием и даже пошутил — в своей обычной манере, — предложив ему «выпить за тех, кто построил баррикады». Он выразил благодарность архиепископу Лионскому, примасу Галлии и главному советнику герцога Гиза, и Лашатру, губернатору Берри, за то, что они помогли ему избавиться от опеки д'Эпернона, и заявил, что отныне хотел бы править вместе со своими «друзьями Гизами». Однако те, кто хорошо знал Генриха III, понимали, что не следует безоглядно верить произошедшим в короле переменам, ибо они продиктованы прежде всего стремлением отвоевать утраченный плацдарм и властные структуры.