В конце века в Амстердаме насчитывалось более двадцати тысяч иудеев. Еврейские колонии, только менее многочисленные, возникли также в Гааге, Роттердаме и некоторых других городах. Духовное и социальное положение этих этнических групп было далеко не всегда одинаковым. Не имея доступа к государственным должностям и членству в гильдиях, евреи в основном занимались торговлей, и если некоторым из них удавалось сколотить приличное состояние, как это случалось в Амстердаме, их влияние, а также престиж могли стать довольно значительными. Однако иудеям не хватало сплоченности. Их общество разделилось на два противостоявших друг другу клана как по географическому происхождению, так и по времени проникновения в нидерландское общество. Сефарды, выходцы из Португалии и Испании, беспрепятственно утвердившиеся здесь с конца XVI века, к 1600 году уже начали внедряться в Амстердаме во многие важные отрасли внешней торговли. Их сила была столь велика, что в 1612 году они смогли построить большую синагогу, не поинтересовавшись на этот счет мнением властей, которым пришлось примириться со свершившимся фактом. Позже в Голландию стали прибывать немецкие евреи, не имевшие ни гроша за душой и преисполненные никчемной гордостью за синагогальные традиции, которые считали наиболее древними. Они влачили обособленное и довольно жалкое существование.
Все еврейское население Амстердама проживало в одном квартале, впрочем, не имевшем ничего общего с гетто. Хотя на улицах слышался еврейско-испанский говор, идиш или португальский, множество красивых зданий выгодно отличалось от мрачных лавок ремесленников и перекупщиков. Напротив Монтельбанской башни возвышалась большая синагога, возведенная по образу и подобию храма Соломона на основе леонской реконструкции — высокое прямоугольное здание с тройным нефом, окруженное трибунами. Во время субботней службы здесь уже с восьми часов утра толпилось от пяти до шести тысяч человек. Каждый вечер около шести сюда приходили на молитву набожные иудеи. Сообщество «немцев» имело собственную синагогу, поменьше и победнее, но скопированную с большой. Под сенью этих культовых заведений существовали раввинские школы, где юным евреям преподавали Закон, литургию и пение. В других городах иудейские колонии были не столь сильно разобщены. В Роттердаме они всем были обязаны влиянию и денежному мешку богатейшего Абрама де Пинто. Последний устроил синагогу сначала на чердаке собственного дома, затем в специально арендованном для этой цели здании. Он создал школу, разместившуюся опять-таки под крышей его дома, содержал у себя учеников и подкармливал раввина, выплачивая ему пенсию.
Культурная жизнь иудеев быстро развивалась в благоприятных для духовной жизни условиях. Такие заметные фигуры, как Гроций или Ван Баерле, не чурались поддерживать тесные отношения с амстердамскими раввинами, один из которых, Менассех бен Израиль, чрезвычайно образованный человек, писатель и основатель первой еврейской типографии в Нидерландах, по образу мыслей был близок некоторым теологам-реформатам. Евреи содействовали переводу протестантом Суренхёйсом на латынь части Талмуда. Но не стоит преувеличивать вклад иудеев в нидерландскую экономику «золотого века». В числе 1500 самых крупных налогоплательщиков Амстердама в 1631 году указаны только шесть еврейских торговцев.
К середине столетия в Гааге, помимо официальных храмов, насчитывались одна ремонстрантская, одна лютеранская, три католические церкви и три синагоги. Многообразие «молитвенных домов» свидетельствовало о поразительной веротерпимости. Тем не менее внутри религиозных общин церковные власти не стеснялись притеснять тех, кого считали «паршивой овцой». За сожительство со служанкой, не освященное узами брака, вдовец Рембрандт предстал перед церковным советом; его подругу отлучили от причастия. Еврейская община Амстердама изгнала Спинозу. Безверие в активных формах выносили с трудом. В 1642 году некто Франсуа ван ден Мёрс был брошен в тюрьму за отрицание бессмертия души и божественности Христа. Правда, после семимесячного заключения он все-таки вышел на свободу.